mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACATCATCATCATCATCATCA AGATGGTGTTTGAGAATGTAA TGTATCAGCTCCCTCATTTGATCAACAGGACGAGATGGTGTTTGAGAATGTAAATGAGGAGCCATCCCTACTCGCTGGGATTGGTATCCAGCAGGGTATTTTGGCCCTGATGGGTTCGAGCCACCAGAGAAATTGAACTCAGGTAGATCATCTTCATCCCGGGATGCAGCAGGGCCAAATCCCGGGGGTACATCATCATCATCATCATCATCAGGAGGTACAGAATGGAGAGGAGGTCC AATGAAAAAAGATTTATAGAAGGATACAAAAGCTAGGGCGCGTCTAAATAAAACAGCTACATGAACGCTGGATTTACAAAAAAGTTGGAACTTAAAACTAAAAGCCCCTACTATTGGGAGCATCTTTTCGCCAGGCAGGTTGCCCAGTTCCTACTGTCGTTCCGTAAAATTGTGCTCCATTAACAAATGGTTGACCTGGGGAAGGGGAACCAGGTGGAGGAACCCACCAATTTCCATGTTGACCTTGAACATGCATAGCTGGTAATGCCTGATGGGGTAACTGCTGAGGTGCATGCATGGGCTGTTGAAAACGACGAACCTTGCTTGGTGGAGGCTGCAGATGCTGCTGTTGGGATGTTTGAGGCTGCCATTCAGGTATATCATCATCGTCATCGTCATCATTCCACTGTTGGATCGGAACCCCTACGGGTGCATTACTATTTGGTTGCCCATACTTTTGTATCAGCTCCCTCATTTGATCAACAGGACGAGATGGTGTTTGAGAATGTAAATGAGGAGCCATCCCTACTCGCTGGGATTGGTATCCAGCAGGGTATTTTGGCCCTGATGGGTTCGAGCCACCAGAGAAATTGAACTCAGGTAGATCATCTTCATCCCGGGATGCAGCAGGGCCAAATCCCGGGGGTACATCATCATCATCATCATCATCAGGAGGTACAGAATGGAGAGGAGGTCCGACATGGGTTTTTGATAGGAAATTAGAATTCACATTAGAAATAGCATCATCCTTATCGTGAGGTTTTCTAGAACTAGAAGTGAAGTGCTGTTGCTTTTTGGTG 4 2 3' arm Gossypium_raimondii mirnest 100 100 -72.8 ........(((((((.(((((((.....((.(((((((((..(((..(((((..((((((((((((((........)))).))))(((((.((((((......)))))).)))))..((...(((.(((........))).)))...)).))))))(((((((((((......))...))))))))).)))))..))).))))))).)).))....))).))))...))).)))).... (-72.8)