mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAAACCGCAATTACTTTTG AAAGCAATGGCAGTTTTTGCC ATTTAATATTAATTTAATATTAAATCGGTGTAAAAGCAATGGCAGTTTTTGCCATTACATTTTAAAAACCGCAATTACTTTTGCACCAGCCTAATATTTGTTGATGTTATTG ATAGATTCACCCCCAGATATTTAATATTAATTTAATATTAAATCGGTGTAAAAGCAATGGCAGTTTTTGCCATTACATTTTAAAAACCGCAATTACTTTTGCACCAGCCTAATATTTGTTGATGTTATTGTAAATTTTTAAACACTTTTCTACTTTGGATTCTTGGTTGCTGACATATAGAAAACCAATTGATTTTTATATGTTGATCTTGTATCCTGCCAACATTGCCACAGTAGAAAATTTTTACCTATTAGTTCCATTGTCTTTTTGCAGATTTCACTAGTTTTTGTACATAATCGATCATGGTGTCTGCAAATAAGGACAGCTCTACTTCTTCATTATCAATCAAGATGCCTTTTATTTCCTTTCCTTGCCTTATTGCATTGGCCAGACCCTCCAGTACAATGTTGAATAGAAGCAGTGAGGGAGGACATTCTTGTTTCATACCTGCTTTTAGTGACGTAAGTATTCAGTCTTTCACTGTTAGCTAAGATGTTAGCTGTTTTTCATAGCTGGCTTTTAACAAGTTGAGAACATTCCCCTTA 3 0 3' arm Homo_sapiens mirnest mir-548 0.0000000001 hsa-mir-548q 0.0000000004 -28.9 ...((((((((((..(((((((....((((((((((.(((.((.(((((((...........))))))).)).))).))))))))))....))))))).))))))))))... (-28.9)