mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTGTTTGGTTGCTGAGAAAA TTCTCAGCAACCAAACGGAGG TGATCCCCATCTGTTTGGTTGCTGAGAAAATTAATCATAGAAGAGTCGTATATAAATATTAACCAGGTGTTTTGGAATTTGGATTCTTTTTAATATATAGTACTAAAATGATGAATTTTTCAAAAAGGAAGCCTCAAAAACTTTCCTGTTTGTGTGTGTTTTTTTTTCTAACGTTTTCTCAGCAACCAAACGGAGGCTCAGA ACACAAACAGAGAAGAGATATAATTGAAAGAAAAGAAAAATGGTTCTGCTAGAGAAACTTTGGGATGATGTAGTGGCCGGACCTCAACCGGAACGTGGCCTTGGCCGGCTGAGGAAGATCACAACCACCCCACCCTTGTCCACCAAAGATGAGGCTTCATCAATGGCGATGCCGACGAGTCCGACGACACCTGGGACACCATCGACGCCGGTGTCGGCTCGTAGGGACAACGTGTGGAGGAGCGTGTTCAATCCAGGTAGCAACCTTGCAACCAAAGGTATTGGCGCTGAAGTTTTCGACAAGCCTCAACCTAACTCTCCTACTGTTTATGACTGGTTCGTACAGATTTTTTTTTCTTGTTCAGTTATTTGCATGCATGCTTGCTTGGATAATTGGATATATATAAGTGGGACTTTGATTTTGCTTTTTGGATGTTTGTGATCCCCATCTGTTTGGTTGCTGAGAAAATTAATCATAGAAGAGTCGTATATAAATATTAACCAGGTGTTTTGGAATTTGGATTCTTTTTAATATATAGTACTAAAATGATGAATTTTTCAAAAAGGAAGCCTCAAAAACTTTCCTGTTTGTGTGTGTTTTTTTTTCTAACGTTTTCTCAGCAACCAAACGGAGGCTCAGAGACAGATCATGCAGGAAAACTTGGCTCTTTGTTTGGTAGCTGCGTGGAAATAACAGTATGCTGTAATTATTACACTAATCCATTTATAAGCTTTTATTTTTAATTATTCTTGTTTATTTACTATAAGATGATAAATAACCAAAGATTAATTAGGGTAATTTGCATGGATCTAATTTCTGGGTGTTAACTAAAATTTAAGAAGAAAGTTTGGTTCGGATGGGATGGGATGCAGGCTTTACAGCGGG 0 0 5' arm Gossypium_raimondii mirnest 100 100 -55.8 (((.((...((((((((((((((((((((((......((((((((....(((((.....(((.((((.(((((.((....((.((((((((....................((((...)))))))))))).)))).)))))...)))).)))..)))))...))))))))..)))))))))))))))))))))))).))).. (-55.8)