mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATGCCCCTAAAAATCCTTAT GAGGGACTTTTGGGGGCAGATG TCGTTACCGCAGGGAAAATGAGGGACTTTTGGGGGCAGATGTGTTTCCATTCCACTATCATAATGCCCCTAAAAATCCTTATTGCTCTTGCAGTATTC TTTCAGAGGCAGAGGAGGAGGTGTTGAAGGATTTGTTGTTCACTTAGATCATTAATGAGGGTCTGGAACAGTCATCTGAAGTTTGGGGGAAACGTCACGTCTCCTATGATGCGCCTGGCTTTAGGGAATAATCCTTGTATCCATTTTGGGAACCTGCTCTGGGATTCCAGATCTGTGGTTTTCTGAGCACGTCTGTGTGGAAGCTGCTGCACTGAGACCTATTTAGCCAATTATTGAGAAGATGAGGTCCCTTTCGTGAGTCTGCACGGAGCCGCCGTACACCATGAAAGCGCTCACTTGTTTAAAGTTTGCTCTAACTTTGTACATTTTTTNCTTTTTAGTTTTGGCTCTTGGTGCTCTGAGAGCTACCACTTCCTGCCAGCTGGTTCGTTACCGCAGGGAAAATGAGGGACTTTTGGGGGCAGATGTGTTTCCATTCCACTATCATAATGCCCCTAAAAATCCTTATTGCTCTTGCAGTATTCCTCGGGGGTCCCTGGGCCAGAAGGACATCAGCTCGGAGTTTCTCCAGCAACTCAAAGAAGAGAGAAGCTGTTCCCAAATCTTTCGTGTAAGCTTTGGG 2 2 3' arm Homo_sapiens mirnest mir-365 3e-44 cfa-mir-365-1 3e-44 -35.8 ....(((.((((((..((((((((..(((((((((((.(((.((.........))...)))..))))))))))).))))))))..)))))).)))... (-35.8)