mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAAACCACAATTACTTTTTT AAAAGTAATTGTGGTTTTGCC AGAGAAATATTAGGTTGGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTGCCATTGAAAGTAATGGCAAAACCACAATTACTTTTTTACCAACCTAATAACAATG GCAAAGAACAACTGAATAGGTGGAAAACATGGAATCTCTTTTAGGTGCAGGGTGGTCTTCAAATTACATTAGTTTTTTTTATATATATTTTAAACATATGTAAGAAATTAAGTGGCAAAGAACTGAGAAAGCTTAAGACCTGCTTCAAAAGCCTGAAAAATGGAAAAATAAAATGTTTTCAGATATCTCATATCACTCTCATAATGTGGCCCCTTAAAAAGCTTGGGAATGTTTGTATGTACAAGTTTATTAAAACTGGGTATGCTTCATATTACTGGAATGAATTTATTCTCTTCAGAGAGAAATATTAGGTTGGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTGCCATTGAAAGTAATGGCAAAACCACAATTACTTTTTTACCAACCTAATAACAATGTATTAGCAAATATTTACAAATGGTCAGGTGATATTCTTGATTGAAAAGTTGCTTAACATTTCAGTAATATAATTTTAATTCTAGTCAAAATACAAATGCATAGATAGTAAATGATAAAGTAGAGACTCATATATGCCTGTCTAGACATCAAATGGTGGTTATGTTTACAATCTAGAAATGATGAAGCTCTTTCACTAATTCCTAATATGAAATGTATGATGGCAAAGACAAATGTATTGATTAATAATCCTTTAAAAGGGGGATTTCTTTCTGAAATACATATTGTATTAGTTCCAAGGCTTCATAAAAATGAGAAAATTGGGTGGTTACAAAATTTTCTTACAGCTGAA 1 0 3' arm Homo_sapiens mirnest mir-548 1e-19 hsa-mir-548aa-2 9e-23 -52.5 .......(((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))...... (-52.5)