mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAGTAATTGCGATTTTTGT AAAAACCGCAGTTACTTTTGC CTATATGTATTAGGTTGGTGCAAAAGTAATTGCGATTTTTGTCACTAAAAGTAACCGCAAAAACCGCAGTTACTTTTGCATCAACGTAATACTTCTG CCGCGTTTTTTTTTTTTTTTTCTGCCCCTTTCTCCCTTCAATCCATCTCTAATATCTGTACACCAGATCCACTGCCTTGGGCCTACTATATGTATTAGGTTGGTGCAAAAGTAATTGCGATTTTTGTCACTAAAAGTAACCGCAAAAACCGCAGTTACTTTTGCATCAACGTAATACTTCTGCTTCTCAGTTTCTCAGTTCCTTTTTTCTGTCTAGTGCTTTTCTTCTTGAAATTAGAATCGTTCTCTCCCTAGATTTTACCAACCCCCCTGATTTGGCAGAGGACTCTCAGCTTGAACCATATCTTGCTCCTGTGAACCTGTTTTCTTCAAGGCTTTGTAGTCTCTATTTTATAAGCAACACCTATGGACTTCTGAAAAAACGACTAGAGAATGCCTCGTGCC 1 0 5' arm Homo_sapiens mirnest mir-548 4e-22 hsa-mir-548c 3e-19 -40.1 ......((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.(((...)))....))))))).))))))))))))))))))))).))))))..... (-40.1)