mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAGTAATTGCGACTTTTGT AAAACCACAATTACTTATGC TAATGTACCAGATTGGTGCAAAAGTAATTGCGACTTTTGTCGTTACTTTTAATGGCAAAACCACAATTACTTATGCACCAACCTAATAAAAT TAATGTACCAGATTGGTGCAAAAGTAATTGCGACTTTTGTCGTTACTTTTAATGGCAAAACCACAATTACTTATGCACCAACCTAATAAAATATATTCACAGGTTTCGAGATTAGTAGGTGGATGCCTTCAGGAGACCATTCTGCCCAGTGAATGGGATCTGGGCCCTCCAAAAAGAGACATCCTTTTCTGGGTTATCATTCATGCACCTGAAGCAACCTCTTTTAGTTACTGCTTTCCATGCCAGTTACCAGGGCTCCTGAACAAACAGGAAGTATTTACTCACACATAAATTAATCAGCATCTATGTTTTTAACTTGGAATAGAAAGGTTTTTTAAAAAAAATTTTCATCCTTTGTGTTTATGAGATGCTTGGATACTTAATTCTGCACATCCAAGGGATCACTTGGATTTTATGAAGTCAGTGCTTAAAGTGGGATCCAGAATATGCAATTTTATCAGGCCCCCATTGTCCTATGTGCAGACATCAGTGGCTTGCCTTGTTTCTATTACATAGAGACATTCCAGAATTTTTTAGCGAGTTTAACAAACATCATCAAGAGGAAAGTGGAGGTAGTGTTCCAATATGACATGCATTAAAAATTCTTCTCTTTCTCACTTATATTTATAGTCTGATAGAGGATCAACAGTATACCAATTTAATCTTGCTGCAGAGTGACATTTTTTGAAACCATTAAATTTCCAGATAATGTGCACATGTGGAATTCAGCAGCATAAGCCAGCTGTGAGTGGGGGACCCACTATCACTAAATGTCACTTGGATTCCCCATCTTGCTTTGACTATGGGATTTGTAACAGTTTTCCATATTTTCTTTGGCACCTGGTCCACCCGGTTTTCCAGCCCCCCTTC 4 1 5' arm Homo_sapiens mirnest mir-548 6e-18 ptr-mir-548a-1 5e-24 -30.4 .........((.((((((((.(((((((((....(((((((((((....)))))))))))...))))))))).)))))))).))........ (-30.4)