mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCTTCATTAAATGTTTGTTG TTGCATTTATTGCAGGTTA GTCTTTTCCCCTCATTGCATTTATTGCAGGTTATATATATGCTACTTTTACTTGTACATTTCTGTCTCCCCTACCAGGCTGTAAATGAGGGCAGAAACCTTGTTTGTTTTATTCACCATCATGTACCAAGTGCTTGGCACATAGTGGGCCTTCATTAAATGTTTGTTGAATAAAAGAGG TCTTCTCAGCTCTCCACCCCCACCACTCTTGACTCAGGTGGCGTCCTTCTTCCTCAAGTCTTGACAATTCCCGGGCCCTTCAGTCCCTGAGCAGACTACTTCTGTGTCTGTCACCACATCTTGTCTTTTCCCCTCATTGCATTTATTGCAGGTTATATATATGCTACTTTTACTTGTACATTTCTGTCTCCCCTACCAGGCTGTAAATGAGGGCAGAAACCTTGTTTGTTTTATTCACCATCATGTACCAAGTGCTTGGCACATAGTGGGCCTTCATTAAATGTTTGTTGAATAAAAGAGGGAAGAAGGCAAGCCTACC 4 2 3' arm Homo_sapiens mirnest 100 cfa-mir-421 0.0006 -36.1 .((((((....(((..(((((((.((.(((((...(((.(((((....(((((((((((((((((((....(((......))).....))))))))........................))))).))))))..))))).)))...))))).)).)))))))....)))..)))))).. (-36.1)