mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGTCCCCTTCAACCAGCT CTGGTAAAATGGAACCAAATC CTTTGCTAGAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCGCCTCTTCAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTAT TAGCCCTCAGCTATAATGCTAAAAGAAGCAGTGGCAGTAGAAGGGGGTGACTAACTGAACTCTTCCCCAACCTTTTAGCTTAACTATTTATCTGGTTTGCTGCCTAGAGATAAATGGAAAACATTACTCTAAAATACATCAAGGTCTATTTGTTCCTTTAAATACTATTGGTTTTGAAATAGCTTATTGTCTACATGTAAGAATTAACAAAGGACTTCGGCTGTGGACAAGATTAGAAAAAGAAAAAGAAGCAAAGATGTTGAAAACAAAGACGTACATTGATCATTCCTTAATGCAGTAATGTGTTAAAAGGAAAAGATTTTTAAACCATTAAGCGCAGGAAAACAGTAGGAAAGTGACTTCAAAATGGAAAATTTGACATTCAGTGACTGAAGCATTGGTATGATAATTTCTAACACTTGTAGAAGGTCCATGACTGTAATTTTACCAATGAAAAGCATTTAACTGTTTTGGATTCCAAACTAGCAGCACTACAATGCTTTGCTAGAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCGCCTCTTCAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTATGCATTGATTACTACGGGACAACCAACGTTTTCATTTGTGAATATCAATTACTTGCCAACTAATTTCAACTTATTTACATTATGCAGACTGTGATTATAATCAAATAACTTGTTACTGTTAATTCTACCTGGAAAAGCTAGAATGGTTAAAGATGTTTATAAAAAGCTTTATGAAAAATGTATGGATGACTTAAGGATTTCAAATAAAAATTTTACTTATTATGGTCAAAAAAAAAAAAAAAAA 4 0 3' arm Homo_sapiens mirnest mir-133 8e-23 cfa-mir-133a 3e-37 -27.2 ....((((.(((((((..((.((.((((((((............)))))))).)).))..))))))).))))... (-27.2)