mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGAATCTTGATGATGCTGC AGCATCATCAAGATTCACAAG GGGGGAGCATCATCAAGATTCACAAGTATTGAGACTCAGTGCGTGGTGGTGATGGTGACTTATGTGGTCCCTTCCTACACTCCGATGGCTCTTTGATATGGGAATCTTGATGATGCTGCCGTGGCAAT GGGGGAGCATCATCAAGATTCACAAGTATTGAGACTCAGTGCGTGGTGGTGATGGTGACTTATGTGGTCCCTTCCTACACTCCGATGGCTCTTTGATATGGGAATCTTGATGATGCTGCCGTGGCAATAAATGGCTAAATTTTTATATAAATCATCTCCAAAACCACAAAACAGTTGCAGACGATCGAGGACG 2 0 3' arm Vitis_vinifera mirnest mir-172 5e-56 vvi-MIR172c 3e-57 -48.2 ..((.((((((((((((((((.((.((...((((.(((...((.((((..((.((.((((.....)))))).))...)))).)).))).))))..)).)).)))))))))))))))).))........ (-48.2)