mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGGATGGTTAGGAGAG TTCCTATACCACCCATTCCCT CTGCAGGTTTGAAATGGGAGATGAATATTTCGAAAGCAATAGGAATGGATGGTTAGGAGAGAACTCCTCTTATATATTTCTTCATCTTCTCCGCCGGAGATGTGGAAGTGCAGTTGGTTCCTATACCACCCATTCCCTACGGTTTTCGAAATTTTCTCCCTTTTCTCTTGGTGCTC GGGGAGGTTTTGCCTGCAGGTTTGAAATGGGAGATGAATATTTCGAAAGCAATAGGAATGGATGGTTAGGAGAGAACTCCTCTTATATATTTCTTCATCTTCTCCGCCGGAGATGTGGAAGTGCAGTTGGTTCCTATACCACCCATTCCCTACGGTTTTCGAAATTTTCTCCCTTTTCTCTTGGTGCTCGCTGTTCACAGCTTCCAATTTCTCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTAATCTAATTTTTTCATTTGATTTTGTTAGGTGTTGAAGTTATGGAGATTTTTTTTAAATTTATTTTTTTGTTGTTTCTGAAAAGAATTTTGACATCTCTGATCTAATACGAATGACGCAAGTGATTTTTTATTTTTATTTTCATGTCAAAGATATAAACTCCTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 1 5' arm Vitis_vinifera mirnest 100 vvi-MIR3633a 2e-84 -62.4 ...((((...((((.((((((.....(((((((((((....(((((((.((((((((((..((((.........(((((((.(((((((......))))))).))))))).))))..)))))).)))).))))))).....)))))))))))..)))))).)))).))))...... (-62.4)