mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTTGGTTGCTAAGAAAA TTCTCAGCAACCAAACAGAGT GTTGCTAAGCCTGTGTTTGGTTGCTAAGAAAAACTTAAGAAACAAGGGGTTTCGGATTTTGCTCTCTCTGACAGTAAAGTTGAAGATTTAAAACTTTTTAGTTTGTTTTCTTTTTCCTACCTTTTCTCAGCAACCAAACAGAGTACTATTGT CTTTTTATGGAGTTTGGGTCTTCCCCATTTAGTGTGTTGCTAAGCCTGTGTTTGGTTGCTAAGAAAAACTTAAGAAACAAGGGGTTTCGGATTTTGCTCTCTCTGACAGTAAAGTTGAAGATTTAAAACTTTTTAGTTTGTTTTCTTTTTCCTACCTTTTCTCAGCAACCAAACAGAGTACTATTGTAAATTTGGCGAACTTTATGGTTTTCTATTCTGCCTAACTTTCCCAGGTGTTTCCTTGGTGAGAATTTCTCATTTTGAAATTCTGATTTTTGATAATCAAGCAGAGCTCAGATGGGGATTTAATAGACTGTGTTCACATCTCTCATCAACCAGCCTTTGATCATCCATTCCTGAAAAATCACACAATTCAGATGAGGCCCAATTACCACCCGGAAGGGCTTTATGATGAAAGCAAAGTGTCTACAAAGCCTAAACAGAGGACAAATCCAATCACTCAGCTGTGGCATGTGAATGGTAAATGCCCTGAAGGCACCATACCCATCAGAAGAACAAAACAGGATGATATTCTTAGAGCAAGTTCAGTGAAAAGATATGGAAGAAAGAAGCACAGAACCATTCCTCTGCCAAGGTCTGCAGATCCTGATCTCATCAATGAGAGTGGCCATCAGCATGCAATTGCTTATGTTGAAGGAGATAAATACTATGGAGCTAAAGCCACCATTAATGTCTGGGAACCCAAAATACAGCAGCCAAACGAGTTCAGTTTGTCTCAGCTTTGGATATTGGGAGGTTCCTTTGGTGAAGACCTTAACAGCATTGAAGCTGGTTGGCAGGTCAGTCCAGATCTATATGGTGACAACAAACACAGACTGTTCACTTACTGGACTAGTGATGCATATC 2 0 5' arm Vitis_vinifera mirnest 100 100 -37.1 ..........((.((((((((((((.((((((...((.(((((.....))))).(((((((((.((...)).)))))))))(((((....(((((....)))))....)))))....))..)))))).)))))))))))).))......... (-37.1)