mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCCGACTCGCACTCATGCCGT GGCATATGTGTGGATGAAAGA TGGTAAAGGGTGGAGTTTTGTGAAGCTTATGGCATATGTGTGGATGAAAGAAAGGTGTTTAAATCATGTCTTTCCGACTCGCACTCATGCCGTTGGTTTCAGATCACTCCTCCCTCTCCC GGAAAATGGTAAAGGGTGGAGTTTTGTGAAGCTTATGGCATATGTGTGGATGAAAGAAAGGTGTTTAAATCATGTCTTTCCGACTCGCACTCATGCCGTTGGTTTCAGATCACTCCTCCCTCTCCCTCCTTTCTCCCTTCTCCTATTTTCAGATCTGCGCCGCGTCCTCCTTCGCATCAGTCGGCTTTGCTGATGTTTTTCATCTTCTGTTTTGCAGATCTGTGATCCTCAGCTAGGGTTTGTTTGTGACTTTGTGGTGCAGCCTCCTGAGACTAGATGGAGCCAACACCATCTCATTTGTGTATGTTTGTAATAATGTTTGTACTGGGCCAAACTGGGGCTCCATACACCTATAGCCAAGATGATTTAAACTAGAACATAGGAATATACGAGAATCAAAAACTTTTGAGGAATTTATGTTTATCTAGTCTCAAAACTTTCTTTTCCGGAGTTGATGAGTTTGCACCTCATCATTTGTTTATTTCTCCCATTTAGTAAATCCATGGGCAAGTCCAAAGAGAGCTTCTCGGATGGAAATCGCTTTAACCTACATCAAACCAATTAGATATATGCATTATTGGTCCACCATTATCAAATTTAAGCTTTTAGGTCAATTTTCTAGCTTGAGATCTATGTATCCTCTA 4 2 3' arm Vitis_vinifera mirnest 100 vvi-MIR3634 4e-50 -42.8 .((...((((.(((((....(((((((.(((((((..((((((..((((((..(((......)))...))))))....))))))..))))))).)))))))....))))).))))..)). (-42.8)