mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA CGGTGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCGACTTCGCCGCTCCGGCAGCGCCGGAGGCACGCGGCGGCCTACGATTGGTTGCTGAGCGAATTCCGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACGGCG CACGCGTCCGGGAGAAGAAGAAAGAGTATGGTTCTTACGGTGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCGACTTCGCCGCTCCGGCAGCGCCGGAGGCACGCGGCGGCCTACGATTGGTTGCTGAGCGAATTCCGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACGGCGGTGATGTGATGATGAAAGACTACTTCGATCTCAGGTTTCTAGGTGCGGGGGCTCAACAAATTTGTTGCAGGGCTATGGATGTGAAGCAGCTGAACATCATGTCGGTGGCCTGGGAGTTTTCAACCCTAACAATTATTGTCACATGCCCAGGTTTCTTGGTAACCAGGATTTCCTAGTTTGTTAGTATGGACAAATTGGCATAGATGTGAAACACTTGCACATACCCTTGGTGAATCCATCTACTGTTTGATCATTTGACTCTAAACTCAATTGTGGTGGGTGGCTAGATTTTTATGTTATGGAAACTGTGCATTCCTTGGACAAAAATCTATTACACTTGTTGTCAT 2 0 3' arm Vitis_vinifera mirnest MIR168 1e-72 vvi-MIR168 6e-71 -64.5 ..((.((((((.(((((.((((((((((.(((((...((.(((((.((((((((...)))))).))...((((((((.......)))))))).))))).))...))))).)))))))))).))))).)))))).)). (-64.5)