mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA CCCGCCTTGCATCAACTGAAT ACGGTGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCGACTTCGCCGCTCCGGCAGCGCCGGAGGCACGCGGCGGCCTACGATTGGTTGCTGAGCGAATTCCGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACGGCGG CACGCGTCCGGGAGAAGAAGAAAGAGTATGGTTCTTACGGTGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACCGACTTCGCCGCTCCGGCAGCGCCGGAGGCACGCGGCGGCCTACGATTGGTTGCTGAGCGAATTCCGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACGGCGGTGATGTGATGATGAAAGACTACTTCGATCTCAGGTTTCTAGGTGCGGGGGCTCAACAAATTTGTTGCAGGGCTATGGATGTGAAGCAGCTGAACATCATGTCGGTGGCCTGGGAGTTTTCAACCCTAACAATTATTGTCACATGCCCAGGTTTCTTGGTAACCAGGATTTCCTAGTTTGTTAGTATGGACAAATTGGCATAGATGTGAAACACTTGCACATACCCTTGGTGAATCCATCTACTGTTTGATCATTTGACTCTAAACTCAATTGTGGTGGGTGGCTAGATTTTTATGTTATGGAAACTGTGCATTCCTTGGACAAAAATCTATTACACTTGTTGTCAT 3 0 5' arm Vitis_vinifera mirnest MIR168 7e-74 vvi-MIR168 6e-71 -64.5 ...((.((((((.(((((.((((((((((.(((((...((.(((((.((((((((...)))))).))...((((((((.......)))))))).))))).))...))))).)))))))))).))))).)))))).)).. (-64.5)