mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAGTGTTTGGGGGAACTC GTTCCCCTGACCACTTCACT GTGCCCCCTAGAGTTCCCCTGACCACTTCACTGGGGATCTTCTTTAATGACTTCCTACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCTGGTGTCA AAACAAGTTGGATGCCTATTGAATACATACTCCATTAGGTGCCCCCTAGAGTTCCCCTGACCACTTCACTGGGGATCTTCTTTAATGACTTCCTACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCTGGTGTCATTTAATACCTATCAACCACAGGCATGATCAAGGTTGATGGGATAAATATTCTAGCAGAAGGATGGCTAACGTGTACTTTTCACCAAGTCATCAACAGACGTGTTATGTATTAAGGAGCAACTCGGTACATCTTGGTTGGGCTTGGGACGAAGAAACAATAGGGTACACAAGGTTTCCTTTGATTTCAGTTCCATGGCGACAAGTTTTATTTTATTTTATTTTTTACTTTCAACTTTTGAGATGTACTGAAAATTCAAGCAATTAATTTCCTTCAAAATTAAGAAAAATAATAGTGGATTTCTAATCAAAAAAAAC 1 0 3' arm Vitis_vinifera mirnest mir-395 5e-43 vvi-MIR395j 4e-43 -36.5 ......((..((((((((((((.(((((((.((((((((.........)).)))))).))))))).))))))))))))..))..... (-36.5)