mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGCGTCAATATC TATTGGCGTGCCTCAATTTAA AAATATGGGGGGAGGTATTGGCGTGCCTCAATTTAAAGACATGGTTAGATGAAGAGATATTAGCCATGTGATTTGATTGAGCCGCGTCAATATCTCCTTTTGCACC GGTAAAAGCCCCATGAAAGGCCCTGGAGGAAAGGCAGGTCACCTCATTGAAAGGCCTTCTGTATAGCAACCTCTGAGAGAGGGAAATCTGCTCATCTCTCAAACTAAATGACCTATCTTTCCTAGTTATGGAAGCATGGTGGCTCACCCACCCCCCAACCCCCGCCCCCTTCTTCCACAACTCCCCCTTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTGTAGAGACTGTTCAAATATGAGGGAAGCGCTCTCTCACACATACACATTCATTTCAGAGCTTTGTGGGAAGATAAGCAGAAGGAGGTTGCAGTGACCGAGAGAGTGTTCAAATATGGGGGGAGGTATTGGCGTGCCTCAATTTAAAGACATGGTTAGATGAAGAGATATTAGCCATGTGATTTGATTGAGCCGCGTCAATATCTCCTTTTGCACCTCTCTTTCTCCCTATCTCTCGCCTTAAAAAATCCACGGTATGCAGTTCATGTCCTCATCTTGTCTCTTTTCTCATCTCTTTCCAGCATTTATTTTTCTCTATTCTATGTTTTGATACACTCTAATCCACAGATG 2 0 3' arm Vitis_vinifera mirnest MIR171_1 2e-52 vvi-MIR171b 2e-51 -41.5 ......(((((((((((((((((((.(((((((.((..((((((((((...........))))))))))..)).))))))).)))))))))))))))))))..... (-41.5)