mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTCTTCCTCTTCCTCTTCGG AAAGAGCCGAGGAGGAATTC AAGGCCTACTCCAAAGAGCCGAGGAGGAATTCGGCTTTAATCACGACATGGGTCTTACCATCCCTTGTGAGGAAGTAGTTTTTCTCTCTCTAACAGCCATGATCAGATGAAAGAAAAGCTTTTCAAAGAGGTTGTTGGAGGGAGATGACAAAGATGAAGCTGAATCTTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCGGATTAATAAC GATCGCTCTCTCCCTTTTCCCCCCACCCACAATTCTCTTCCCCCCAGTCATCTCAAAACAGCATGGCTCTAAAGAAATCAAACAAACTACCTCAACCAGCAGCTCTGAAACAAATTCTCAAAAGATGTTCAAGCTTTGGGAAGAAACCTGGCTATGATCAAGGTAGCCTTCCAGATGATGTGCCAAAAGGCCACTTTGCGGTATATGTTGGTGAAAACAGAAGCAGATATATTGTTCCAATCTCATGGTTGGGTCACCCAGAGTTTCAAGGCCTACTCCAAAGAGCCGAGGAGGAATTCGGCTTTAATCACGACATGGGTCTTACCATCCCTTGTGAGGAAGTAGTTTTTCTCTCTCTAACAGCCATGATCAGATGAAAGAAAAGCTTTTCAAAGAGGTTGTTGGAGGGAGATGACAAAGATGAAGCTGAATCTTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCGGATTAATAACTCAGTACTATAATGTTTTTGACCAAAAACCCCATTAACATTTTCCAGGGTTCCACGCCTGGTTGAGACTTGGGAGAACTAATATTGTTGAAGGAAATCATGGGAGCCTCCCCCATGTCTGTTTGATGGATCTCTCCTACGGTGTTTGGCCTTCTGTGTCTCCCTGAAGAGCAAGGCCTTCTCTTCACTTCTCACAGCTTGCATAGATTACAGATGTGTTTCTTCCTTGAGAGACCATTTCCAAATTGTAACAATCAACATGATTCAAGTGATCAGTTCTAATGATCTATTTTCCATAATCTGT 4 1 3' arm Vitis_vinifera mirnest 100 100 -65.2 ......((.(((.(((((..(((((((((....(((((..((((((.((((......))))...)))))).))))).(((..((((((((((((((((....((...((((((......))))))..)))))))))))))))))).))).((((.((((..(((...........................)))..)))).)))).)))))))))...))))).))).))..... (-65.2)