mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAGGCATATTTGCAGGAACT TCCCTGCAAATATGCCTCGTT AAGTTGGTGGTGTCCCTGCAAATATGCCTCGTTTTGATTTTAGTCCCTGGTAAAAAAAAAATTTGTTTTTGGTTCCTGTAAAATTTTTTGTTTTTGAAAATAGTCCCTGACCCCACTTTTGTGATGATTTGCATACGTGACACATTATAACTGAACCAATTTTGTAGTTTTTGGTCCCTGCAAAATATTTTGTTTTTAAAAAAGGTCCTTGCAAAATTTTTTGTTTTTGAAAATAGTCCCTGAAGCAGGGACCAAAAACAATTATTTTTTTACCAGGAACTAAAACCAAAACGAGGCATATTTGCAGGAACTAAAACCATA GCACGAGGAAAAAAAAGTATGGCTAAAATGCTCAAGTTTTTCTTTGCTATAATTTTACTTCTCTCATTGTTTCTTGTTGCAACGGAAGTTGGTGGTGTCCCTGCAAATATGCCTCGTTTTGATTTTAGTCCCTGGTAAAAAAAAAATTTGTTTTTGGTTCCTGTAAAATTTTTTGTTTTTGAAAATAGTCCCTGACCCCACTTTTGTGATGATTTGCATACGTGACACATTATAACTGAACCAATTTTGTAGTTTTTGGTCCCTGCAAAATATTTTGTTTTTAAAAAAGGTCCTTGCAAAATTTTTTGTTTTTGAAAATAGTCCCTGAAGCAGGGACCAAAAACAATTATTTTTTTACCAGGAACTAAAACCAAAACGAGGCATATTTGCAGGAACTAAAACCATATTTTAGCCTTATATTTTTCATCACAGCATATATTGAAT 2 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest 100 mtr-MIR2675b 0.000000000001 -110.4 ....((((...((.((((((((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((((.((((.(((((((((((((((........((((((((((((((((.....((((....(((((.((((.((((((.....(((.((....(((((...((....)))))))..)))))..)))))).)))).......)))))..)))).............))))))))))))))))........))))))))))))))))))).))))))))))))).))))))).)))))))))))))))))))))).))....)))).. (-110.4)