mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGGCATATTTGTAGGGACC TCCCTGCNAATATGTCTCGTT ANAAAGTTTTGGTCCCTGCNAATATGTCTCGTTTTGATTTTANTCCCTGTAATTATTTTTGCAGTGACCATTTTAAAAATCAAAAGATTTTGCAATGACTATTTTTTTAATAAATGGGTTCAGTCATCATGTGCCTTATCATGTGCCACGTGTGCNAATCATCNCAAAAATGAAGTCAGGGACCAAAACCAAAATGAGGCATATTTGTAGGGACCNAAACCATA TATATATTTGTGATATGATAATTGATTAAAAGCTAAAANAAAGTTTTGGTCCCTGCNAATATGTCTCGTTTTGATTTTANTCCCTGTAATTATTTTTGCAGTGACCATTTTAAAAATCAAAAGATTTTGCAATGACTATTTTTTTAATAAATGGGTTCAGTCATCATGTGCCTTATCATGTGCCACGTGTGCNAATCATCNCAAAAATGAAGTCAGGGACCAAAACCAAAATGAGGCATATTTGTAGGGACCNAAACCATAGTTTACCTTGATTAAACTATTTTATTGAAAGGAAATGGGTGTAAACTTTCTTATAGTATGTGACTTTGGTGTATCTTATTTCTTTTTGATNGAGAAGTTTTGGTATTATCTATTTTATGACNTTATTTCTCGTGTTTTAAGTATGAACCAATTTGGATAAGGAAATTTANCTTACATTGATATATGTTTGTANGTACCNAGAAATGAAATATGAAGTTGTTGTGTAATAGAAGCGTATAAGGGGACAAAAATTGTGTATTATTANATTGTACTCCATCCGTTTCNAAATAANTGTCGCTTTAGCAAAAAAAAATTGTTTCAAAATGAATGTCACTTTACNTTTCCAATACAACTTTAATTTTTTTTCNTCCNACTTTACCCTCNATAAATACTCCNACTTTTTTCTCACACAATTTTCCATG 1 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest 100 mtr-MIR2675b 0.00005 -72.4 .....((((.(((((((((.((((((((((((((((.((((..((((((...(((((((((..((((.((((...((((((....))))))..)))).((((((.......)))))).((..((...((((((...(.....)...)))))).)).))))))..)))))))))...))))))..)))).)))))))))))))))).))))))))).)))).... (-72.4)