mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGCAAGGTGCATAAGGATT TCCTTATGCAGGGTGCTGGAAA CTTTTATGCAGGGTGCTGGAAATCCTTATGCAGGGTGCTGGAAATCATTACGTACATCGAATGGTTTTGGAGTACAACTCATAGAAACAATTTTTGGATTTATGCAAGGTGCATAAGGATTTCATTATGCACCATAACTG ATTATAAATAATATTTCTTAGTTCTTGTAATCATATATAAGGACTTTATACCTCTATTTCTTTCATCATGTGCCTCTCTCTCATCATCATATTTTCATTTATAATTTTAGGTTTCACACTCAAAAAATCACCCTTGTGATCATATTCCGGTTCAGGACCATCATATTCCGGTTCGGCATATTCAGGACCATCACATAAACATATGAAATTAATACACCGTGTAATCATTGGAGGCGTACAGAAATCTTCTGGACAAGTAGTTGGATTTTCACATGGAACGGTTAATCAAATGGTTTTGGAGTACAACTCACAGAAACCATTTCCACAGCAAAATGGTTTTGGCATACTTTTATGCAGGGTGCTGGAAATCCTTATGCAGGGTGCTGGAAATCATTACGTACATCGAATGGTTTTGGAGTACAACTCATAGAAACAATTTTTGGATTTATGCAAGGTGCATAAGGATTTCATTATGCACCATAACTGTGCCCCACGTGAGCTTAGCTCAATTGGCAGGGACATTGCATAATTTATGCAGAGGCCGAGGTTCGAACTCCGAACACCCAACTTTCTCACATTTTAATGTGTGAGCTCCAATCACTAGGCTCACTAGACAAAAAAAATTAAAAGAATGCAAAATGGGCTTACATCCCTTTGCA 5 1 3' arm Medicago_truncatula mirnest 100 mtr-MIR2652a 3e-54 -41.7 ...........(((((..((((((((((((((...(((...(((((............((((.(((((.((((...))))...))))).))))...)))))..)))...)))))))))))))).....)))))....... (-41.7)