mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGCACGGTGCATAAGGAAA TCCTTATGCACCGTGCATAAA ACGTTCGGGAGTGGTTATGGTGCATAAGGAAATCCTTATGCACCGTGCATAAATCCCAACATGATTGCTTCCTACACCCCTAAAGTGAGCCAAAACCATTTTTGTTCAAAATAAAAGAAATCTAATGGTTGTGATGTGTTTATGCACGGTGCATAAGGAAATAACTTATGCACCATAACTTTTGCCNTGG TTACGGCCGGGGTANAGTGTTTGTCACTGAATCACCTTAACTCTAGTTTGCTAGCGGTTTTTCTATTAAATGATGAGAAGAAAACTAATCTATCAATCAATAGTATTACCAGTGTTAAACAACTAAACAGTAAACTCATTATTTTATATCCCGCTCAAAAATCATTTGCATTCTGATCAAAATAGACCAAGAAAATTGATCGGAGGTGGGGTCGTACCTATAAGCACTCTGACGTTCGGGAGTGGTTATGGTGCATAAGGAAATCCTTATGCACCGTGCATAAATCCCAACATGATTGCTTCCTACACCCCTAAAGTGAGCCAAAACCATTTTTGTTCAAAATAAAAGAAATCTAATGGTTGTGATGTGTTTATGCACGGTGCATAAGGAAATAACTTATGCACCATAACTTTTGCCNTGGATTAATCCTTAGAAATCTAAAGGGTTCTCGAATTCCGTTTTTCTTCTACATCTCTCTTGTGCTTTTGCAAGTTACATCAATAGAAAATTTGGGAAATAAATAAATAAATGATTTTGAAAATATATTTTAAGTTCTCAAAAACCATCTTCCCTTCAAAACCCTCAATTCAAGGTTTTGGGTGAAGAAATAATTTCAAAATATGATTTCTCTAANACTAGTGTGTGATGATGCCCTGTGGTTTAGGCTCCCATTGTGACTGTATCAAANACCTTTTGAATCNAAAACTTTTGCATGAANAGGAANATATTTATGAATGGGATCANCTAACACTTAAAANGGAAATATATAATGTTATGGGTAANNNAGTGNGANNAAANNNTTGGTCNAAATAAAAANNGTGAATANNNA 2 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest 100 mtr-MIR2652l 7e-16 -69.3 ....((.((...((((((((((((((((....((((((((((((((((((((((....((((.((.((((.((..........)).))))...(((((((....(((.........)))....))))))))).)))))))))))))))))))))))))).....))))))))))))))))....))..)) (-69.3)