mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCCTCCGTCCCAAATT TTTGGGNNGGAGGGAGTATAT GTTCACCCCTCTTACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGACGTTTTGGGCATTTCACACATATTAAGAAATGCAATTAATATTGNGNGGAAAAGAGATATTATGAGTTGTTTTACAAAATTGTCCTTAATAAATAATATGGGAAAGATAAATGAAAGAATTGAAAGAAGAGAGAGTAATAAATAATTAAGGNTATAATAGGAAAAGTAACATTAATGNTGCATTGGTATTTTAAAGCGACATATAATTTGGGACAATTTTTTTTTTTCCTAAAGCGACATACAATTTGGGNNGGAGGGAGTATATTATATTAT TTACGGNCGGGGGGNGNGAGAAGAAGANTCTAAAGAAGAGAAATTGGTGGAGGGAGAATAAGTGAGAAAAAGAATAGGAAAATGTTGTTTTCAGCGATTTTTTTTTCTCAAGAAAGCATCACGACCGTTGTTTCTTTTATTGTGGCAACTCTCATGTTTGTAAGTGGGGACCACTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTGCTACAACTGCAATTTTTGGTTCGTGAGCTATTCGCGANAAAACTCTCGCGTTGAAAAGAATAATATCTTCTATAAATAAGTGTATAANAGGAATGCTNTAACTTTATGTGAAACCCTTTTTTAAAACGTGGAACTCACATGAATTTCATTGAATAANAGGATGAATGTTGCAAGAGTGTTGAAAATAGAGTATATATCTGGCACTCTTCACGTGTACAATATCATTTGCAGAACCTTTTAATCTTACTATCATTTAAACTTGCTCACAGTGACCTAGATGTAAAGGNCGCATGCATATCATAGTGTTCACCCCTCTTACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGACGTTTTGGGCATTTCACACATATTAAGAAATGCAATTAATATTGNGNGGAAAAGAGATATTATGAGTTGTTTTACAAAATTGTCCTTAATAAATAATATGGGAAAGATAAATGAAAGAATTGAAAGAAGAGAGAGTAATAAATAATTAAGGNTATAATAGGAAAAGTAACATTAATGNTGCATTGGTATTTTAAAGCGACATATAATTTGGGACAATTTTTTTTTTTCCTAAAGCGACATACAATTTGGGNNGGAGGGAGTATATTATATTATATTWWTNTGTGNACTTCATATNANGGATGAATCATTCAAACAAATTCGAATTTAAATCCCAGCTTAAACCATCNTTGACCACACTTTACTTACCTCTCTAACAANCTCCGAATTACTACTAAAATATCATTNCCTAATTGGGAGNNNGGGATCAAATGNCNTATAAATTAGATGAATTCTACACTT 3 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest MIR806 0.0003 100 -68.7 ............((((((((((..(((((((((((((.(((((((((((((((...........)))))))...(((((((............)))))))..((((.(((((....(((.((((..((.....))..))))..)))...))))).))))((((((((((((.((..(((((.((..((..(((..........)))...)).(((.(((.((((....)))).))).))))).)))))..))..)))))))))))))))))))).)))))))))))))..))))))))))........... (-68.7)