mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGGGACGGAGGGAGTAATA ATATTCTCTCCGTCCCATAAT CTCATTANCGTAATATTCTCTCCGTCCCATAATANCTGAGTCATTTACAAAAAAATATTGTTCTAGAAAAATTGACTCATTTCATTTTTCAATACAATATTAATTACTTTTTTCCAATTATAACATTAATTAATACCACTTTCACCACTCCCAATTCAATATATTATACTTTGCAGTTATGATAAAGAAGAATACACCAACAATTTTTTGACAAAAGAATACACCAATAGTTGACAAGGGTACTCAAACCCATTTTTTTCTCTCTCTTTCACTTATACACTTTTTCTTAATAAGTATGAAATGAGTCAAAGGCCCCGTTAAAATGGGACGGAGGGAGTAATATATATCACT TACGGCCGGGGTANCATGTAATATTATTATCAAAGGAGTTTAATCATCATGTATTCGCTTCTTTATGTATCTTTCCAAAATAAAAAATGTACCGTTTGATGTAAAATAATTTTAAAAATTTATTAAAAAAATTAGATTGATGTYCAATGAGAATTCGCCATTTGGTCACAAACATATTTCGTAATCAAAATTTAAAAATAATGGTAAAGATTGATATCTCATTANCGTAATATTCTCTCCGTCCCATAATANCTGAGTCATTTACAAAAAAATATTGTTCTAGAAAAATTGACTCATTTCATTTTTCAATACAATATTAATTACTTTTTTCCAATTATAACATTAATTAATACCACTTTCACCACTCCCAATTCAATATATTATACTTTGCAGTTATGATAAAGAAGAATACACCAACAATTTTTTGACAAAAGAATACACCAATAGTTGACAAGGGTACTCAAACCCATTTTTTTCTCTCTCTTTCACTTATACACTTTTTCTTAATAAGTATGAAATGAGTCAAAGGCCCCGTTAAAATGGGACGGAGGGAGTAATATATATCACTTTTCTAAGGAGAAAACAAAGTGAACAAGTATTAAAGAGGAGTATCACATTCAAACCAAAATTTCTTATTACGAGGCAATGCAACTTGTGCACGACAATTCGTCGTCCTAGCTCACTCGTGTCGTTCCATAAACTTATACAACAATCAAATTNNNNTTGTTCGCCAAAGCTGANTTGAGCTTGTCACAANNNAAACNACANTGNATAGNNNNNANNNNATTTTGAATTTACTTGGAATTCAAGTTAGTAAAAATTTAACCA 2 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest 100 osa-MIR812h 0.00007 -57.4 .....((..(((.(((((((((((((((((..((..((.(((.((.((((.......))))...)).....((((((((((((((((.((((...(((..........((((((..((((((((..(((.(((((..........................)))))....)))..))))))))...))))))..........)))..)))).))).(((.........((..((.((((((......)))).)).))..))......)))((((((.............)))))).))))))))))))).)))..)).))..))))))))))))))))).))).))..... (-57.4)