mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAATACTCCCTCTGATCACAT GTAACCGGATGGAGTATATAT ATCCCAATTTTAAATACTCCCTCTGATCACATTTATAAGCAACTTGTACTTTTTCAAATTCATTAATTAATTAATTAATCAAGATTATATATAGTCCAGATACATAAGTTATTTAATGAATTTAAAAAAGGGAAAGTTGCTTATAAATGTAACCGGATGGAGTATATATTATGCCTA TTACGGCCGGGGGTGCTCTAGAAAAGCACATAGTTTGACGCAATAACAAATCTCAGTCGTTGGTATCATATCAGACGGTTTAAATTACACATCAGTTTAACACAATTGAATGATTTTAGCCGTTAATCTAAATTGAACGGTCCTCATCTATTACAGCAGAAAATTCAAATAAATTTTGTTAGAACGTACGAACCATACTATTTTTCACAATCTAAGACACAGATTTACCTTCATCCCAATTTTAAATACTCCCTCTGATCACATTTATAAGCAACTTGTACTTTTTCAAATTCATTAATTAATTAATTAATCAAGATTATATATAGTCCAGATACATAAGTTATTTAATGAATTTAAAAAAGGGAAAGTTGCTTATAAATGTAACCGGATGGAGTATATATTATGCCTAAAAAATTAAGTTTTCANATTATAGAACTCAAAAATTCCTATAGTTCGAAGTATATAACACAAGTAAAGAGTATTTAGCAATCAAATAAACCACGTAAGAGCATAAAATGGAAGTCAATAATCGCTATAGTTGTGCGGACACATCCCCTAACAATAACTGATCAATTTGGGTTTGCCTCACTAGGTCTAGAATCAGACCTAACTTGCGGATATGCAAAGAAAGAAGGCACAGTACATGGTGCCCAGTGTCTTGAAATTTCGAGCTCGGGGGTTGTGCATATGTATTTTGCAATTTCTAATGCTAAATCTTCCTAACAAATACTANCATAGTTCATATAGCCAGTTATCTCCACCCTANACGTCNTTTTCTTTTTTGGGGCATTTTTNTTATCNTTNNNTNANNNNCNNGNNNNNNNNG 5 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest MIR1122 0.0000002 100 -54 ......((..((.(((((((.((((...(((((((((((((((((...((((((.(((((((((((.(((((.((..(((..(((((....)))))..)))..)).))))).))))))))))).))))))...)))))))))))))))))...)))).))))))).))..))..... (-54)