mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCATTTCTAAAATAGGCATT CGCCTATTTTAGAATGAAAA ACACTGCTCTTTTCATTTCTAAAATAGGCATTGCCATTCAAATTCCATTGATTCATTCAGCAACGCCTATTTTAGAATGAAAACAACATTT CGGCCGGGGGAAACAGAAAGAGGAATCTAAACTACGCCACAGTGCTTCTCATCTTCTCCTCTTCATCTGAAATCAAAATCAAGACTGCGTTGCCTTCCCCTTTACAGTAGCTAATTTCAAATGGAAACAGAACACTGCTCTTTTCATTTCTAAAATAGGCATTGCCATTCAAATTCCATTGATTCATTCAGCAACGCCTATTTTAGAATGAAAACAACATTTCACTGTTTCCATTTCAAACTATTGTTAAGGAAGTTAATGCTGACGAATTCTTTATTTTCATTTTAGCTGATGAGGATCTTTTTCTAACCATTAATTCATTCTGGTCTCCGTATGTAATCAGCAATTTTCTTTCAATTTCATATGTTACTTTTCACAACCCTCTACATTTTTTGGATATAAACTGTGCACTAGCATTATTATAGACTAATGTTCATACTACTCATTTTACAAGTTTTAAATTAGACTAATGTTCATACTTCTGTCCTACTCTATTCTTGGCACTTTTGTTTTAATTTGTTTGCTATGGTGAGTTGCGTGTTTTATATGATGTGACTCATGACCCATGAATAGTTAATTCCTCATATTGTTCAACTTTTTTGTCCTAGAGTCACTCATTTTTGTAAATCTAGCATTTATTTTTACGGTTTGTTATTTCTTTTTTGGTGTTAACCCTCCGGTTCTCTGGTACTCTAGAGTTCGGTTGTGAGGTTGGATAACCAAGATTGTTCCACCCATGAATCGAACTTAGTTCTTCGAATGATCGTTCTTTGGTAGAGCTCATTACCACGTGAGTAAGTATATTGTATCATTGTATGATTTGTT 1 1 5' arm Medicago_truncatula mirnest 100 gma-MIR1514a 0.00007 -25.1 .........((((((((.(((((((((((.((((...((((......))))........)))).)))))))))))))))))))........ (-25.1)