mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGTAATCCTAGCACTTTGG AAGGTGGGAGGATTGCTTGAG AGCTTGCATAGTAAAACCCCAGTCTCTACAGAAAATTGAAAAACTAGCAGGCGTGGTGGTGAACACCTGTAGTCTCAGTTACTAGGGGAGCTAAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCCTGGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAGCTATGACTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGAGACAGAGCAAGACCCTGTCCCAAAAAAATAAACAAATAAAATAATAATAAATAAAATAACCAGTCCGGGTGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGACGATGTGGGTGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTAGCCTGGGCAACATAGGGAGACCCAATCTCTACAAAAAATACAAA CNNNNTNACGGCCGGGNNCCNAATCAAACTAGCTTTGGCTAAAAGAGTTTACAGTAAACAGCGTTTCATAATCATAGTCCTGTAAATGTTGTTTCTTGGGAATCTTTTGAGTCGACCTGTTGACAAAGCTATAAACATTTATTGTGGAAGGCTGGGCGTGGTGGCTCATCCCTGTAATCCCAGTGCTTTGGAAGGCTGAGGCAAGAGGATAGCTTGCATAGTAAAACCCCAGTCTCTACAGAAAATTGAAAAACTAGCAGGCGTGGTGGTGAACACCTGTAGTCTCAGTTACTAGGGGAGCTAAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCCTGGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAGCTATGACTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGAGACAGAGCAAGACCCTGTCCCAAAAAAATAAACAAATAAAATAATAATAAATAAAATAACCAGTCCGGGTGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGACGATGTGGGTGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTAGCCTGGGCAACATAGGGAGACCCAATCTCTACAAAAAATACAAAAATCAGCCACACATGGTGGTGCATGACTGTCATCTCAGCTACTCAGGANGCTGAGATGAGAGGATCGCTTGAGCCCAGGCTTGCAGTGAGCCAAGATCATACCACTGCACTCAAGCCTGGGTGACAGAACAAGACCCTGTATCAATCAATCAATCNATCAAACATTGTGGAGAAGAGAATGTGAATGTCANNANNCAGANNNACAAAAATTATACCTGACAGCCGGGNGCCGNGGCTCACGCCNGNAATCCNNGC 5 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest Metazoa_SRP 5e-28 hsa-mir-1273g 0.0000000000003 -100.871 .((((((.((((..........(((....)))..........))))))))))..((((.....)))).....((((.........)))).((((((((..((((((((.((((((.((..(((((.((((......)))).)))))...))(((((((((..(((((.....))).))..(((.................................................))).))))))))))))))).....))))))))..))))))))..(((.(((.(((((...((.((((.(((((((((((...))))..)))))))....)))))).))))))))))).............. (-100.871)