mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGGGACGGAGGGAGTATG TACTCCCTCCGTCCCAAATTG ATGAGTCGTGAATATATTATACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGACGTTTTAGACATTTCACATATATTAAAAAATGTAATATATTTTGTGTGGAAAAGAGATATTATGAGTTGTTTTACAAAATTGTCCTTAATAAATGATATGGGAAAGATAAATGAAAGAATTGAAAGAAGAGAAAGTAATAAATAGTTAAGGATATAATAGGAAAAATAACATTAATGTTTCATTGGTATTGTAAAGCAACATATAATTTGGGACAAAATTTTTCTCCAAAGCGACATACAATTTGGGACGGAGGGAGTATGATTTTTCTAATGTTTC GNNCNTTACGGCCGGGCTACTAAGTCTCAATCAATTCAAATGATTTTATGTGTGGGTACAAGAATCCAAATATATATTTTACACCATAACTTTCTTATAAGAGAAATTGAATGAGTCGTGAATATATTATACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGACGTTTTAGACATTTCACATATATTAAAAAATGTAATATATTTTGTGTGGAAAAGAGATATTATGAGTTGTTTTACAAAATTGTCCTTAATAAATGATATGGGAAAGATAAATGAAAGAATTGAAAGAAGAGAAAGTAATAAATAGTTAAGGATATAATAGGAAAAATAACATTAATGTTTCATTGGTATTGTAAAGCAACATATAATTTGGGACAAAATTTTTCTCCAAAGCGACATACAATTTGGGACGGAGGGAGTATGATTTTTCTAATGTTTCCTTATGCATATGTGAAAGATCGAACTTTACACAAAATGGTTAAGCCGGTGTTTGGTTCACGGTGGTGTGAACGCAACCGTGTGTTTAGTGTGAAGCTTAAATATATAGCTTATTAAAATTGTGATAAAATCAACATCGAAACGCAAGATTGGTAATTTGGACTGTAACCACTAGCCAAACATGCTATAAAAGGTGTAAGTATTTATTACTTGTGTTACAATATATTATTGCAATATATTTTTTCTATTTTCATCACATAATAAAGTAGACAATTTTAATTAATAGGAAAAAAACTAATATACAATTAATTATATACAATATTTTTTTATTTGTCTGATGGATCCTTAATCAAAAGCTAGATACCNATCATTTGAAGTACGAAGATCTAAATAAATGTTCTTCCATACACATCGATCATGAATCAAATACGTAATCTCATACTTAAGAGACTCAAGTCTCATACTTAANAGACTCAAGTATACGTCAATTGTGCTACACTCTATTGGTAATTGAATACAAATGTTNCNNANNTTATTNATGTANANNNCNNTAACCAGGGTAGCTCNCNNNNTGGGGTACCNATNNNNNTTCTAACATCACNTGACTTCNTCTNA 0 0 3' arm Medicago_truncatula mirnest MIR1122 0.00008 tae-MIR1122 0.0003 -81.293 .........(((...(((((((((((((((((((((((((((((.((((((..((((.....((((((((.......))))))))...))))(((((((....((((((.((((((((((((.(((.((((..((.....))..))))..))).(((((((..(((((................................................))))).)))))))....)))))))))))).))))))...........)))))))..)))))).)))))))))))))))))))))))))))))..)))......... (-81.293)