mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATACTCCCTCCGTCCCAAAT TTAGGACGGAGGGAGTAAGTG ATTAAGAAAATACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGACGTTTTGGGCATTTCACACGTATTAAGAAATGTAATTAATATTGTGTGGGAAAAAGATATTATGAGTTGTTTTACAAAATTATCCTCAATAAATGATATGGGAAAGATAAATGAAGGAATTGAAAGAAGATAGAGTAATAAATAGTTAAGAATATAATATGAAAAGTAACATTAATTTTTCATTGATATTGTAAAGCGATTTATAATTTGGGACAAATATTTTTTTTAAAATGACATACAATTTAGGACGGAGGGAGTAAGTGGCATG CTAGTATTATTACATTAAACTGATTTAAGCCTGTGGCTTAACTATGTGACTGAGAACACTGGCGTTTATGTCCCAATCCTATTCCCCACAACACTGCATTACAGTCTCTATGTTGGAGCCAGCTGAAATTATTCCAAACTTTCATAATTAATTAATTGATCATATACATGCTTAGTATAATTACTAATCTGTTGTCGGAAACGTATACACAATTGACAGAACTTTTTGATCTATCATTTTTGTTCTTGTGAGTTTATCTTCTTACTTTAGTACTACTTTAGTAAATGCCACCCTAGATTTACTATTCTAACAATTTTATGACAATAATTTAACCAAAGTTTGTCTGCTATAAATTCAAAAAACAAAAATTAAGAAAATACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGACGTTTTGGGCATTTCACACGTATTAAGAAATGTAATTAATATTGTGTGGGAAAAAGATATTATGAGTTGTTTTACAAAATTATCCTCAATAAATGATATGGGAAAGATAAATGAAGGAATTGAAAGAAGATAGAGTAATAAATAGTTAAGAATATAATATGAAAAGTAACATTAATTTTTCATTGATATTGTAAAGCGATTTATAATTTGGGACAAATATTTTTTTTAAAATGACATACAATTTAGGACGGAGGGAGTAAGTGGCATGGAGCTATTACTGAATTAGGATTCTTCCACAAGATTACTTGGAATTGCTGCCTTTCTTGTTAGGGGCAAAAACTTTTTTTTGGAATCATCAAATGCAAACTTTAAAGCAACGAATTTAATTGTAGCTAACTACCATTCATATCCTAACTTTAAA 3 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest MIR1122 0.00002 tae-MIR1122 0.0002 -75.6 ..........((((((((((((((.((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((.........)))))).))))))))).(((((((((((((((((((((((((.((((((((((.......................)).)))).((....))..(((...((((.....))))....)))...(((((((((.......))))))))))))).))))))))))))))))))((((...)))))))))))))))))))).)))))))))).))))))))))))))......... (-75.6)