mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTACTCCCTCCGTCCCAAAT TTGGAGATAGAGGGACAAAGGC GTGAGTCTAGGGTGAAGCTCTTATTGGAGATAGAGGGACAAAGGCTTGGAGTCTCCGTTACTTACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGTCGCTTTAAGGAGA ACAGGTTGGCCTAAGTGGATAAGTGAAAATGGATTTGTGCTGTCTTGAGAATTGTGCTACATAATTATGCAGGATAGGTGCCAATGTGGTGGGAAGGGAAAATGTGCATGCATTATAACTGGAATGGAATTTTTTTGTGAATATTTGATACTGATATTGATAATGTCATGCATTATTGCTGGTAGTTGTGGATGTGATATGTAAATAAATTTTGGTGAACATTTGATAATTGTATTTATGTATATATTTTTAGCTTATTTGTAATTGTATTTATGTATATATTTTAAAAAAAAAATTGTAAACAGAAACCAACTTGTTGACTATTTGAAAGTTACTGGGACAAGTGAGTCTAGGGTGAAGCTCTTATTGGAGATAGAGGGACAAAGGCTTGGAGTCTCCGTTACTTACTCCCTCCGTCCCAAATTGTATGTCGCTTTAAGGAGAAAAAATTTGTCCCAAATTATATGTCGCTTTACAATACCCATGCAACATTATTGTACTTTTCAATTATAACCNTAATTATTTACTAAAAAAAAAAATAACGTGAG 5 1 3' arm Medicago_truncatula mirnest MIR1122 0.0003 100 -27.9 .....((((((((((.((.....((((.(((.((((((..(((...((((...))))...)))..)))))).)))))))...))...)))))))..))).. (-27.9)