mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAGGAGTGTTCGTGCTTCAT GAAGCACGGATACGGACATGGA ATAACAATCTATGAAGCACGGATACGGACATGGACACGGACACCAACACGGCTAATAATTTGAAAAAATCACATAATTCAGTGTAATTACAAGTGTCGGTGTTGGACACGACACATGTCCGACACCGGGACACGACACATGTCCGACACTGGGACACGCCTAATCCGAGGAGTGTTCGTGCTTCATAGATAATAA CAATTTAAAGGAAACTAGAGAATATTACTGAGTAGCACGTGTAATGGTTGTTGCCTATTGGAATGAGCTTGCACAAATTATACCAGTATTAAACTATTAATCGTCACTCATCAGCACTAATAAAATACAAACAGGTAGCCCCCAAGGGTTTATGTGCGTTTTTTTTATTGAAATATGTATTTCAAGTTTGATAACAATCTATGAAGCACGGATACGGACATGGACACGGACACCAACACGGCTAATAATTTGAAAAAATCACATAATTCAGTGTAATTACAAGTGTCGGTGTTGGACACGACACATGTCCGACACCGGGACACGACACATGTCCGACACTGGGACACGCCTAATCCGAGGAGTGTTCGTGCTTCATAGATAATAATAGAAAAATATTTCTAAAAAAATGTCAAAAACAAAAAAAAATAACAGTATTGATGCTCTTCTTATAAGCTAAAACGAGCAACTTTTTGGGGAGAAAAAGTGATATTATAAGAATACTTTTTTTCAGAGCTTAACCAAATACACCTAAAAACAATCAAGTTGGTTCTTATGAATCTGGTGGGGACTTGGATATTATGGGGTGACCAAGTCCCACTTTGAGACCTCTC 4 1 3' arm Medicago_truncatula mirnest 100 mtr-MIR2586 8e-25 -65.7 ......(((((((((((((((((((.....((((..((((((((.....))..(((.((.(((.....))).)).)))..((((........((((((((((((((((.......)))))))))))..))))).)))).))))))....((((.....)))).))))....)))))))))))))))))))..... (-65.7)