mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAATACTTCCTCTGATCACTG ATGATCAGAGGGAGTAACTGG AAGACAGTAACAAATACTTCCTCTGATCACTGTTATAAGAAAAATTCACTTTTTAAATTCATTCAATAAATGATGTCTGTGGTCTATATATAGATCATATGCATCATTTATTGAATGAACCTAATAAGTCAACTTTTGTTTATAATAATGATCAGAGGGAGTAACTGGTAATGGCT GACATCAACCCTTTTTCCTTTCCTCTCATTCTTCTAGTAGTAAATTTAGCTTCTTCCCGAAAATGGTGCTTGCTGGTAAACTTATGACTGAACTTGGGATCAAAACACCCGCTGATAGGTTCTTCAAACTATTTGCATCAGAACTTCATGAAGTGCAAAAACACTGTGAAAGAGTTCATCATACCAAACTTCATGAAGGTGAAGATTGGCATCACACTGATTCGGTTAAACACTGGACTTATGTCATAGATGGTAAGGTACACACATGTCATGAGAAGGTTGAAGAAATTGATGAAAAAAACAAGAAAGGCACTTACAAGCTCTTTGGTGGAGATATTGATGAGCACTATAAGGACTTTAAGCTCATCATTGAAGTAATTGATAAGGGTGATGGGACTTCTGCAGTTAAATGGACTGTTGAATATGTGAAGATCAACGAGGATATTGACCCTCCAAATGGCTGGATGGATTACTTATGCAAATGTACTAGAGATATTGATGCTCATCTTGTCAAGCAGGCCAAGGTTGCTATATAAATCTTAAAGACAGTAACAAATACTTCCTCTGATCACTGTTATAAGAAAAATTCACTTTTTAAATTCATTCAATAAATGATGTCTGTGGTCTATATATAGATCATATGCATCATTTATTGAATGAACCTAATAAGTCAACTTTTGTTTATAATAATGATCAGAGGGAGTAACTGGTAATGGCTTAATCCATGGGGTTGGCTTAAGTGTTCATCTTTATAAATAATAAATGTGATCATATTGTTGCATATGATCATTAGCTTTTGATGTTTCGTTTGTATGTGTGATCGGTTGAAGTGTGTCTTAAACTAAATTTAGTAATGCAAATCAATAAATG 4 0 5' arm Medicago_truncatula mirnest MIR1122 7e-16 mtr-MIR2593b 0.000000002 -67.7 ....((((......(((((((((((((((.(((((((((((((.((.((((.(((..(((((((((((((((((((.(((((((((....))))))))).)))))))))))))))))))..))).)))).)).)))).))))))))).)))))))))))))))))))......... (-67.7)