mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGACAGAAGATAGAGGGCAC GCTCTCTAGACTTCTGTCATCA AAGTAAGGTTGTTGACAGAAGATAGAGGGCACTAAGGATGATATGCATACACATATATATACAACATGGAGGAGGAGCTTAATTGCATTTCATTTCCTTTGTGCTCTCTAGACTTCTGTCATCACCTCATCT CACACAACTCTCTGTTCTCTCTTATAATAAATTAAGTCTCTTCTTCTATTTAATATTATAATTAATTAATTAATTTTCTTATGCACTTTTCTTCTTTTTATAGATACATATCTTTTGTATAAAAATTTAATATGAGAATATTGGAGAAAATGAAGAGGGAGAGGGAGGAACTACTAGCTAGTTAAGTAAGGTTGTTGACAGAAGATAGAGGGCACTAAGGATGATATGCATACACATATATATACAACATGGAGGAGGAGCTTAATTGCATTTCATTTCCTTTGTGCTCTCTAGACTTCTGTCATCACCTCATCTTTCTCACCTTTTTATTAACTCCAATTAATGATCATATATTTATATCTGCAATTTTTTTTCTTGATAAACCTAGAATGGAGTTTGTTATTATAGTTTGATCATCATATTTAATTATTTATTTATTGTTTTTGATGAAAATCATCATATATATGTTTAGACACACAAACACACTTGTTTTTATTTTGTATTTTTATTTTTATATAAATCATAATAATACAACTTTTTTCTTTTGTTGAATAAGTGTCCTCTTTAATTTTTCATCTCAAATTAATGCATTATGATCATAATTTATGACCTTCTCCTAAGATAATTCTAAGGTATTTGTTGGCATTGATATAATATTTGCATTT 2 1 5' arm Medicago_truncatula mirnest 100 mtr-MIR156g 8e-64 -45.1 ..((.((((...(((((((((.((((((((((.((((((((.(((((..............((...))...............))))).)))..))))).))))))))))..)))))))))..)))).)).. (-45.1)