mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAAGATGCTTGGGTTTTGGA CGTTGCTACAAGCATGTTGAGA ACAATCCCACTTCGTTGCTACAAGCATGTTGAGAATTACATGATTGGTGGACAATACGAGCATGACATGAACCTCATCGTGGATGAAATTATGTTTTATGCATCTCAGATTACTCTTTCTACTTCTACTACTACTACTACTCATCAAGATGCTTGGGTTTTGGACGTGGACGA GGATCATCAATCCATGTAAGAAAAGCAACCGTGGTACCTTTTCTTCTAATCTTCTTCTAGAGAAGACATACTATTATTATTCTCTCTCGTGTCGTGCGAAAATCCTAATGCCATTGTCAACAAATTCTCAGAATCGGACACATTTTTCCAATCCCTTATTATAAATATTCTGCTTTGTTTTGTTTGCCATCAATTTGTTCTCCTTTGCATATATTCTAATTAAGATAAGGTGATGCTTAAGATAAAGATATTGCAAGCCGTATTGGCGGGGTTAACGTTTTTGTTGGGGTTATTAAGCAATCTAGTGTTGAGGCTGCAGAAACAGAGCCAAAAGCCTCAGAAGCAGCAAAAACTGCTTCAGATCAAATCTGAATTAGATTCTTCTTCTTCTTCGTCAACGGAGATGATGGTGGTTGATGATGATGACATGTATGGGCTGAGCTGGAGGTTGGCAATGGAGACAAACAATAATGTGCGTCCTTGGAAGACAATCCCACTTCGTTGCTACAAGCATGTTGAGAATTACATGATTGGTGGACAATACGAGCATGACATGAACCTCATCGTGGATGAAATTATGTTTTATGCATCTCAGATTACTCTTTCTACTTCTACTACTACTACTACTCATCAAGATGCTTGGGTTTTGGACGTGGACGACACTTGTATCTCTAATATTCCTTATTATAAAGCTAAACGATTTGGATGCGACCCATTTGATTCGGCGATGTTCAAGGCATGGATCAATCAAGGAATGTGCCCTGCAAATCCTGTGGTACTAAGATTGTTTAAAACGTTGATAGAGAAAGGATTCAAAGTGTTCTTAGTAACGGGTAGATACGAAGGAACACTTGCCAAAATCACTACGGACAATTTGCACAACCAAGGATTCATCGGCTACCAACGCCTTATTTTAAGGAGTATGAAATATAAAGGACAAAGTGCAGTGAAATACAAGTCAT 3 1 3' arm Medicago_truncatula mirnest 100 100 -35.1 ......((((((((..(((.(((((((.((((............(((((((......(((((((((((((...(((((...)))))..)))))))..)))).))..(((........)))...))))))).............)))).))))))))))..)))).)))).... (-35.1)