mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACGCACACACACACACACAC TCGTGTGCGTGTGTGCGAGAG CGCCTTGTTCGTGTGCGTGTGTGCGAGAGAGCAGCTAATTTACGTGCCACGAACTGATGAATAGCTGCTTTTTGTAAAACCAGAACGACCGCGAATTTTACTCTTTTTCACGTGTCGGCAAAACGCGTTTACTATACACGCACACACACACACACACACACA TTCTCTTTGCCGAGTCGCCGACCGCCGCCTTGTTCGTGTGCGTGTGTGCGAGAGAGCAGCTAATTTACGTGCCACGAACTGATGAATAGCTGCTTTTTGTAAAACCAGAACGACCGCGAATTTTACTCTTTTTCACGTGTCGGCAAAACGCGTTTACTATACACGCACACACACACACACACACACACACACGTGCAAACACCGTTCGCTTTTCCTTCCTCGTTTATTACATATATATATATGTAGGTCCAAGCTGACTTACAATTTGTTTCCGTATGTATTTCGCGCGGTGTGCAACGCGCAAATTGCTTGTTTTATTTATTTATTGGACGTCGGTGTAAGGCTCAAAGTAAGCATATATGAGGGCAATATACACGGGATTACTTAAAAACTTAAATTAAATTTAACGCCTAGAGTGAAGACGAATATGGCAATAAATCATAAAATGCAATTTAAATGTACTTACAAACATACTTCTATTATTATATGAAAAACCGTAGGAAGTTAAAATATTAGTTTGCTAAAGAATATTTTCTATTTTTATATATTTCATATATTATATATAATTAAATAAAATGTCATGTTAATTTCTTTTTTGTATTTTTTTATTTATTTCACTGTTTATACCTATCACATCCACATTAGGCTATGGGGTACATTATTTTGGTGAAATCGATTTCGGTGGATATATTCAGACCTTGACCTATTATATCGTTTGAGCGTACATGCTATTATAAAATAAACTGGAAATAAAAACTTA 5 0 3' arm Acyrthosiphon_pisum mirnest 100 100 -43.1 .....(((..(((((.(((((((((.(((((((((((.((...((.......))....)).))))))))))).(((((.......((((((.(((...........))).)).))))..........)))))......))))))))).)))))..))).... (-43.1)