mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTACTCTCTCCGTCACAATA TTGTGAAACAGAGGGGAGTAG AAGCTGACCCCTAGTGCCAGATTGTAGCAAGTTGCCTAGCTACTACTCTCTCCGTCACAATATTTGTCATTCTAGCCAATCTCACACAGTACAACTAATGATGCTTTGGAATGTGAGGATGATGTAATTTGAGGGAAAAAAAGAATCCTAGAATGACAAATATTGTGAAACAGAGGGGAGTAGTGCACTTCTACTTTGTGTTTTGGTATCACTATAAGTCT TTAAGTACTTGCATCAAGAATAAAGCTGACCCCTAGTGCCAGATTGTAGCAAGTTGCCTAGCTACTACTCTCTCCGTCACAATATTTGTCATTCTAGCCAATCTCACACAGTACAACTAATGATGCTTTGGAATGTGAGGATGATGTAATTTGAGGGAAAAAAAGAATCCTAGAATGACAAATATTGTGAAACAGAGGGGAGTAGTGCACTTCTACTTTGTGTTTTGGTATCACTATAAGTCTATACTTGCTCTAAAGCCATGATGCATTACTTCAACAGGTTTATGTCAAATACAGTGCTCTTTTCCGCATCACAAGAGAGGCATATCCATATGAAGACACTGCTCAGCTTCTTTCCCGTGCGATATCTCACTATGGAGCCAATCGAATAATGTGGGGAAGTGACTTTCCCTATGTTGTTCCTGAATGTGGCTACAAAGGAGCAAGGGAGGCAATTTCTCTTGTCGCAGGCAAGATACCTGTTTCCCTGTCAGATTTGGATTGGATCTTGGGGAAAACGGTGAGCCAACTATTCCAAGGTGCATGGGTTACTCCATGATCACTGTAGCTGGTAGGACATTGTATTCCAAATCAACTATATCAAGGGGAATATTTGTCCTATTTTCCAGTGTTTACATATACTCTCTCCGCTTCAAATAAAATGTGTTTTAATATTTTCT 4 0 5' arm Sorghum_bicolor mirnest MIR1122 0.0008 100 -61 .....(((...((((((((((..((((.((((.((...((((((.((((((...(((((((((((((((((((((.((.(((((((.((((((.....)).))))......))))))).)).....((((............)))).)))))))))))))))))))))...)))))).)))))))))))))))).......))))))...))))...))). (-61)