mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCGGTTCAATAAAGCTGTGG ACGGCTTTCTTGAACTGCATG CAGCCATAAAAATGGTCCTCTTTCTATTCTTCCACGGCTTTCTTGAACTGCATGGGTTTTGATCTATCAGATCTGTGTTTATCATACAGTCTTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATAGAGACAGGATCAAACCAGAAGAA GATCTGCAAACAGCCATAAAAATGGTCCTCTTTCTATTCTTCCACGGCTTTCTTGAACTGCATGGGTTTTGATCTATCAGATCTGTGTTTATCATACAGTCTTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATAGAGACAGGATCAAACCAGAAGAAGCAAGAAAGTTGCGTTATTTCATTTTCCTGATCTTTAATTATCTAAAATTTCTGCTTGATTTTTTTATGTTTGATATAAATTTTAGAGTATACATAAAGACGTAGGGGTGTTAATTGGTTTGGTTTATTCAAATTTCCGAAACTGAACACCCTGCACTGAAAACCAAATATGTAATTCGGTACGGTTTTAAACGGGATAGAGTTGGTTTTTGGTTTAATTGGAATGAGACCGAATAATCAACATCCCTATCAAGACTTGGAAGGTTTAAATTTTTGATTTGCAGTCACGTTTTGAAATCACAATTTGACTGTTTTTTTTTCTTGTTATTTAATTTGTTTCTTTATGATATAAATTAATAATCTTGGGACTTTGATTTTCTTAAATTGCAGGTGAAATAATTATTGATTCATTGATCGACATGGCCAAAGGTTTCTTTGGTGTTTCTATTCTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCACACACATAGACAGATATATGTTGTATTTTTTTTTTTGACCGGCATATATGTTGTATTTAGAAGTCTGTAACTACTGGAATTGGATTGTTTATTGGATGTTTGTACTCTTGTTTAATTTATATTTTAATTTATCAATTTTGTCATCTAACTTGGAGGTATGTATGAATTTATAGTAAATTGGTTATGGGTTCC 1 0 3' arm Helianthus_ciliaris mirnest MIR396 0.0000000006 lja-MIR396 0.0000000001 -57.3 ............(((((((.((((((((.((((((((((((.((((((((((.(((.(((((....))))).((((((.....))))))))).)))))))))).)))))))))))).)))))))).)))))))........... (-57.3)