mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGGCTGCGGCTGCAGTTGAG TCACTGCGCCACGGCCCCCG TGGCTACCTTCACTGCGCCACGGCCCCCGAGCCCGGAGCCCCGGATGACCACATCAGCTGCCGACGATGGCAGTTCTTTGGCGCCTACCGTGACGGAGGGAGAAACCACAGCCGAGGCCGGGGCTGGGGCAGTTGTTGAAGAGTGCGCCGAGGGCAAGGAGACGAAGGTGGGGGCTGCGGCTGCAGTTGAGGAGCCGGATGAGGAGGCGC TGGCTACCTTCACTGCGCCACGGCCCCCGAGCCCGGAGCCCCGGATGACCACATCAGCTGCCGACGATGGCAGTTCTTTGGCGCCTACCGTGACGGAGGGAGAAACCACAGCCGAGGCCGGGGCTGGGGCAGTTGTTGAAGAGTGCGCCGAGGGCAAGGAGACGAAGGTGGGGGCTGCGGCTGCAGTTGAGGAGCCGGATGAGGAGGCGCGGGAGGAGGATGCTGATGCGGTGGTGGAGGAGGAGGAGGAAGAAGA 2 1 3' arm Sorghum_bicolor mirnest 100 100 -88.8 (((((.((((.((((((((.(((((((((.((((..((((((((.(((.....)))((((((......)))))).(((((((.(((.(((...))).)))..........))))))))))))))).))))..(((((......(((.......)))....)))))...))))))))).))).))))).)))))))))............. (-88.8)