mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGGTGGTGACGGGTGACGG GTAACCTCTCGCTTCCGCAAT TAGGGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAATCGTGCATTACTCTAACTATCATGATGGTACGATCCCGTAACCTCTCGCTTCCGCAATTCTAGCCC TTCGATGGTAGGATAGGGGCCTACCATGGTGGTGACGGGTGACGGAATCGTGCATTACTCTAACTATCATGATGGTACGATCCCGTAACCTCTCGCTTCCGCAATTCTAGCCCGCGCCGCCGGTCTTCCAGATCGCCGCGACCTCCTAACTCGCGCTGCCGGTCTTTCAGATCGCCGCGAACCCGTCGATCTCACGATCGCGCCGTCGTCGCTGAGTGGCTCCACTCGCCAGCTTCCCCCGACGCCGCTGCAACCCCGCGCGACGCGTGCGAAGCCTCGGGATCGCGTCCTCCGTCGCCCGCACGCGGCGTCGACGCTTCGACGGCCACTTCAATCGCGACTCACCAGGAGCTATCGTGGAGTACGTCTACACCAGCAGGCCAGTGATCCGCAAGGTGCTGTACGTCTACGTGATCCTGCCGGACGGCCGCCGAGTGCTGTACATCTACGCTAGGACCCGATGGCCGGTGAAGACTCCGACGCTTCCGCCGCCGCGCAGAAGCAGCGCGAGGATGCAGAGGCCGTCGACAAGCTCCTCACCACCCAGGAGACGGCCAACGCCGCCCTTCACGCCGCGGCGATCGCCTTCCACAACATCAAGGGCGCCATCTCCGTCGTGCTCG 5 0 5' arm Sorghum_bicolor mirnest SSU_rRNA_eukarya 0.00000000009 100 -33.5 ...((((......(((.(((((.((((.((((.(((((((.....................))))))).)))).)))).))))).)))........)))) (-33.5)