mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGTCTGGTTCAAGG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ATGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTCGCTTGTGATTTAAGGATGATTTGTGCATGCGTAATTTTTATTCCTTGAATCTATGAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGCAATAGCTTCAAATG AGATGAGAGAGGGGGCCGGGAGAGGGACCTGAGAAGATGAGGGAAAGATATGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTCGCTTGTGATTTAAGGATGATTTGTGCATGCGTAATTTTTATTCCTTGAATCTATGAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGCAATAGCTTCAAATGATATCGCGAGAGTTAGGAGCTAGTACTATATAAATTTGGTCTGGCTCTTTGATTTTGAAATACTCGTTAGCTGGAGTGTTTGTGAGATCCCTGGGTGTTCTTAGTATGTTGTGGGGTACTGTACTTCCACTCCTGGATCTTATTACTCCACTGTGCCTTTTTTGTTTGCTTGTTTGTTGGGAATCGAGGAGCAGCAAAGATTGGTGTAATGATGGCCTGCTTTGACTCCTCTTTCCTCTGTGTATCTGGCAGGTGATGAAAGTTTTCATCATTACCTTTTGATTGGAAGAATCTTCGTTTTCTCTCTCCTCTCTCTCGTTTCTCTTGTTCTCTCTCTCTCTTTGCTTCTTCGTATATTCATTTTTCTTCCTTTCCATCTCTCTATGCTTGCATGGATTGCTGGTACGGTGTTCACATGGTTTTCTAGAACTGGTATTCACTAACCTGGTGCAGACTTACTATATCTGTATCGATCTGACATATTCTTGTTTGTGATATCTATTACTTATTT 3 0 5' arm Sorghum_bicolor mirnest mir-166 3e-61 sbi-MIR166a 1e-56 -61.4 .((((((((((.((...((((.((((((..(((((((((.((((((((.....((((((((((.((....(((....)))...))...))))))))))..)))))))).)))))))))..)))))).)))))))))))))))).... (-61.4)