mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCACCAAGTGAAT TCGCTTGGTGCAGATCGGGAC CGCCTCGGGCTCGCTTGGTGCAGATCGGGACCTGCCGCCGTGCTCGGACGGGACAGATCCCGCCTTGCACCAAGTGAATCCGAGCC CATTCACCAGGCAGCGAGCGGGGAGAGCGGGGCAGCGGCGGGCCGCGGGCGCCGTGCCTGCCACGCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCCTGCATCCAATCCACGCCACACGAGCGACCGAGCAGGGCGAGGAAGGGAAGATGTCAAGCGCCCCAAGCCGCCGCGCCGCCTCGGGCTCGCTTGGTGCAGATCGGGACCTGCCGCCGTGCTCGGACGGGACAGATCCCGCCTTGCACCAAGTGAATCCGAGCCGGAGCAGCCGACCGACCGACCGCCGCCGCCTGCGCTGCTCTGCTCTGCTCTTGATTGCGATGCCGTAGCCTGCTTGCTGCGTGTTTTTTTTTAATTTTTCTGATAAGGATCGTGCGGATTGCTGTAATGATTCTGTGTCGCCATGCGGATTGCTGTGATGATTCTGTGTCGCCGTGGGAATTATTGCCAGCCATACGGCGACCGACCGCCGCCGCCTGCGCTGCTCTGCTCTTGATTGCGATGCCATGGTGTTTTTATTTTTTCTGATAAGGATCGTGCGGATTGCTGTCGTCCTGTGTCGGCGCGCGGATTGCTGTCCTTCTGTGTCGCCGTTTGGAATTATTTGGCGCCGTGCGGATCTCTGCTCTCGATTAAGCAATCCGGATCTGGATCTGACGCGTAATTTCGGTAGTTTGATCTG 3 0 3' arm Sorghum_bicolor mirnest MIR168 2e-42 sbi-MIR168 1e-43 -45.6 ...((((((.(((((((((((((..(((((.(((((((((....))).)))..))).)))))..))))))))))))).)))))).. (-45.6)