mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATCAAAAGATTCGTCTCGCG CGAGACGAAACTTTTGAGCCT AATTTACGAGACGAAACTTTTGAGCCTAGTTAGTTCATGATTGGACAATATTTGTCAAATACAAACGAGATTGGGACTATTCACATTTTGCAAAAAAATTTTGGAACTAAACAAGGCCTTTTTCCATCGAGTTTCCGTTTCTTGACGCCCGACTTCACTCTGTCCATGACTCTGTGTGCCAGGACACTTCCTGTTTTAGGCCTTGTTTAGTTCCGAAAAGATTTCGGATTTCGGTACTGTAGCATTTTCGTTTGTTTGTGACAAATATTATCCAATTATGGACTAACTAGGATCAAAAGATTCGTCTCGCGATT TTCATCATCAGCCCACACCGCCGCCGGCGACGGCGACGAGGGGCGAGCGGCCGACGAGTGAATGATGATTAGCTGTACGTAACTCACTGTAACAGGTCATGGGCCATGGCGTGTCTCTTCTCCATCAGTGTTGTCAAACTGTCAGATAGCTTAGCAACCATGCGTGCTGCTGTCATGGACTCATGCATGGTCGTCATATAGCTTTTCAAATAAGCCAGGCCTATATAGTTGAGTGAGTTTGCTTCTTCTGTTTTTTCTAGTTTTCGTGGTTTGCTACTTTGGCCTTGTTTAGTTCCAAAAAATTTTGCAAAATTTTTCAGATTCTCTGTCACATCAAATCTTTAGATGTATGCATGGAGTATTAAATATAGACGAAAATAAAAACTAATTACACAGTTTGGTCGAAATTTACGAGACGAAACTTTTGAGCCTAGTTAGTTCATGATTGGACAATATTTGTCAAATACAAACGAGATTGGGACTATTCACATTTTGCAAAAAAATTTTGGAACTAAACAAGGCCTTTTTCCATCGAGTTTCCGTTTCTTGACGCCCGACTTCACTCTGTCCATGACTCTGTGTGCCAGGACACTTCCTGTTTTAGGCCTTGTTTAGTTCCGAAAAGATTTCGGATTTCGGTACTGTAGCATTTTCGTTTGTTTGTGACAAATATTATCCAATTATGGACTAACTAGGATCAAAAGATTCGTCTCGCGATTCC 3 0 3' arm Sorghum_bicolor mirnest 100 osa-MIR2124a 0.00002 -117.4 ...((.(((((((((.(((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((((...((((((((((.((..((...((...((((....)))).(((((((((((((((((((((.....((..((((.(((..........((.......(((...(((...)))...))).))..))).))))..))....))))))))))))))))))))).((((...))))..))....))..)).))))))))))...))))))))))).))))))))))))))))))))).))))))).))))))))).)).. (-117.4)