mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTAAAAGATTCGTCTCGCG CAAGATAAATTTATTAAGCAT CATCAGGAAACTGCAAGATAAATTTATTAAGCATAATTAATCTATCATTAGCATATATGGGTTACTGTAGCACTTAAGGCTAATCATGGAGGAACTAGTCTTAAAAGATTCGTCTCGCGATTCTCAACT CCTACTGGTTAAGTATTCCCGTTGAATATTGTGAACACTCCAAGGAGTAAACTGCCTTGTTGGTATCAAATGATTTGCTCCTATTATGAAGTATGGATGATAGATTATCTAGTTTTTTTGTGATGTTATTCTTGATAAATCAATATGATTTATGAGGTTATGCAAAACACATGTAACCTGGCTCGCTGAACTAGCGTCACATCTTAGGGCCTGTTTAGATTGGGGATGAAAATTTTTTGGGTGTCATATCGAATGTGTCGGAAAGATGTCTGGAGGGGTTTTTAGAAACTAATAAAAAAAACAAATTACATAGCTCATCAGGAAACTGCAAGATAAATTTATTAAGCATAATTAATCTATCATTAGCATATATGGGTTACTGTAGCACTTAAGGCTAATCATGGAGGAACTAGTCTTAAAAGATTCGTCTCGCGATTCTCAACTAAACTGTGTAACTAGTTTATTTTTTTATCTACATTTAATGTTCCATGCATGTGTCCAAAGATTCGATGGGATGGATGAAAAATTTTTGGGTGGGGAACTAAACAGGGCCTTAGAATTGTCAGTATTGATTGCATTAT 4 0 3' arm Sorghum_bicolor mirnest 100 osa-MIR2124c 0.0000000004 -29 .....((((..(((.((((.(((((.(((((..((.((..(((((.((((((......((((((...)))).))....)))))).)))))..)).))..))))).))))).)))).))).))))..... (-29)