mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCACA TGCTCACTTCTCTTTCGGTCAGC TGAATAAGGCGCTCCTGGATGTGGAGAGGCTCTTGAGAGATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCGCGACGAACGGCATAATATGTATGTCGTCCTCGCCGCGTGCTCACTTCTCTTTCGGTCAGCCTCTTCTGTTGATGGCTTATCTCCCATCTAGATCCGCT TGGACGACTACCTATCCCATCCATCTCCTCTGCTCCAAAACCAAACAACACCGGAAGGAGAGAGACAAGGATGTCCATTTCTCTCAGCACCCCTCGTTTCAATTCCTGTACGGCGAGTGCTCACCGGATCCAAGAACAACAAAGCCCCTCTCTTTCTTGTTCTTCCTCTGGAGGGTTGGTTTGGTTTTTCCTCTTCAATTTCATGGTTTTTGCAACTTATGACCTGATTTCCAAAGGTATGTGGCTGGTTATTTGGGGAGTCACTGAATAAGGCGCTCCTGGATGTGGAGAGGCTCTTGAGAGATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCGCGACGAACGGCATAATATGTATGTCGTCCTCGCCGCGTGCTCACTTCTCTTTCGGTCAGCCTCTTCTGTTGATGGCTTATCTCCCATCTAGATCCGCTAGTCAGGGTAAAACCTTTCAGAGTTTGATTTGATTTCAATTCAATTAGACAGTTTTGATGTGGGGTTTTTTTCCTTGTATCACAAAAATTTTTGTGTGTCTTACATGTATAAGAGAAACTCATTCACAAGAGACAGAGCAGGCATGCCTCTATGACTATGGCTTTTCTCCAACTTTTTTTTTACACTGCCACTTCCTTATC 2 2 5' arm Sorghum_bicolor mirnest mir-156 9e-40 zma-MIR156d 5e-41 -71.2 .......((((...(((((((.(((((((((.(((((((.(((((.(((((((((((((((.(((((.(((((...((((...))))...)))))..))))).)))))))).)))))))..))))).))))).....)).))))..))))))))))))...)))) (-71.2)