mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTAGC TGGCCGAGAGCAGGAGAAGAGGAGGGGCCGGCCTCGCATGGCGATGAGAGCACTGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGGCCTCCACTCCACCTGCGGCAGGAGGCTCTTCTTCTGCGCGCGCGTGTGTGTGTGGTTGTCGATCGCAGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTCAGCGGCTCTCATCCTTCATGCCAGGCTCGTCTCTTCTTCAGTTTAATTTCATCAC GCACGAGGCCCGATCGGGAAAGTTTCAGGTCGGACCGCCGGAGTAGCTAGCTAGGTGTGTGTGACAGTGTGATACTTGAGAGAGCTAGCTAGCTCTAGCTGGGGAGTATAGTTTTGCAGAGATGGCCGAGAGCAGGAGAAGAGGAGGGGCCGGCCTCGCATGGCGATGAGAGCACTGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGGCCTCCACTCCACCTGCGGCAGGAGGCTCTTCTTCTGCGCGCGCGTGTGTGTGTGGTTGTCGATCGCAGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTCAGCGGCTCTCATCCTTCATGCCAGGCTCGTCTCTTCTTCAGTTTAATTTCATCACTTGCTGCACTGCAATGTTCGGGCAGCAGTGCATGGATGCAACATGAGAATAATGTCACGGACTAGACATAA 0 2 5' arm Sorghum_bicolor mirnest MIR169_5 6e-79 sbi-MIR169f 3e-80 -105.5 .....((((....(((..((((((((((.(((((.((((((.(((((((((...(((..((((((((((((.((((.((((((((...((((..(((.((((((((((((....)))))))).)))).))).....)))).......)))))))))))))))))))))).))..))).)))))))))..)))))).))))).))))))))))...)))..))))..... (-105.5)