mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTA GGCAGTCTCCTTGGCTAGC CACACAACAGAGATGATAGAGTAGAGATTGAGAGATAGCAAGCCTTACATGGCAATAAGGTTGAGTTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTATATCCTCTCTAAAGGATCAGCAAATATTGAGGCTTCTAGTGGTCTCATATGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGACTCACTCTTATTTCTCATGCTAGGCTTGCATCTTATTTGGAGGTCATTTCACATATTTTTATGA AACACACAACAGAGATGATAGAGTAGAGATTGAGAGATAGCAAGCCTTACATGGCAATAAGGTTGAGTTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTATATCCTCTCTAAAGGATCAGCAAATATTGAGGCTTCTAGTGGTCTCATATGGGCAGTCTCCTTGGCTAGCCTGACTCACTCTTATTTCTCATGCTAGGCTTGCATCTTATTTGGAGGTCATTTCACATATTTTTATGATACGAGTGAGGATATAATTTTTCTTATAAAATATAATAGGTTGGATGATTATTGTTGTCAATGATAATTAAATGCTACTGAATTGATGTTTGATATTGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG 0 2 5' arm Sorghum_bicolor mirnest MIR169_5 5e-67 sbi-MIR169m 8e-47 -79.9 .........((((((((........((.(((((....((((((((..(((((.(((((((.((((((..((((((((((((.((((.((((((((((...(((.(((.((((......))))..))).))).))....)))))))))))))))))))))).)).)))))).)))))))..)))))..)))))))).))))).))....)))))))).((((....)))). (-79.9)