mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGACCAAGTTTATAGAAAAT TTTTCTACAAACTTGGTTAAAG AAAGTTTTTATACTCCCCAATTCCAAAATGTTGGTTGTTTTAGTTTTTGTCATAAGTAAATTCTCTCCAACTTTGACCAAGTTTATAGAAAATACACCAACATGGCAACATCTACAAAATGAAATGAATTTCGTAAAATCTATTTTGAATATTCTTGATAGTGCAATTATTTGGTATTGCTGATGTTAGTATATTTTTCTACAAACTTGGTTAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTATGATAAAACCAAAACGACCTACATTTTGGAGTGGATGGAGTACAAAATAGA AAAGTTTTTATACTCCCCAATTCCAAAATGTTGGTTGTTTTAGTTTTTGTCATAAGTAAATTCTCTCCAACTTTGACCAAGTTTATAGAAAATACACCAACATGGCAACATCTACAAAATGAAATGAATTTCGTAAAATCTATTTTGAATATTCTTGATAGTGCAATTATTTGGTATTGCTGATGTTAGTATATTTTTCTACAAACTTGGTTAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTATGATAAAACCAAAACGACCTACATTTTGGAGTGGATGGAGTACAAAATAGATGATATTCTACCCTATCCTATCAATAATTTATACTAACATATTATAGTCTACTATGTTAGATTTAGTTCAATGTTACTCTGCAAATTGTGCTAGTTATTGTTTGGTTAATAGTTGTCCACTTGATTTAAATGGTAGAATTCATGGTTGGATTTTCATATTGTTCTTAATATATTTTTTCTCAAACTATGCATGTTATGTTGTGTATTTAAAGCCTTTGGGTCATTCTGTAGCTCTAGTTCGTGTATAGCATCATGGCATATTGGCATGACTGTACCGTGATACAGCGGAGTACTTGTTCAAACCACTGTATAGAATGGTAGAATGGAGAGAATACATGGGTTTTAGCCTTTTACAGGTGCTT 1 1 5' arm Sorghum_bicolor mirnest 100 sbi-MIR437n 2e-100 -92.2 .....((((.(((((((((.(((((((((((.(((((((((.(((((.(((((((((...((((((..((((((((((((((((.(((((((((.((.((((((((((.(((....((.((....((((....(((((....)))))...)))).........)).))....))).))))).))))).)).)).))))))).)))))))))))))))))))))).....)))))))))))))).))))))))).))))))))))))))..)))))).)))).... (-92.2)