mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGAAGTTAGAGAAGTTTGAC CAAAGTTCTTAAACTTTAAAG GTTCATTTTGGTTTTCTACTAAGTCAAAGTTCTTAAACTTTAAAGTTTATAGAAAAAATATAAACATATATAATACCAAATAAATGCACTATCAAAACATATTTGAAGTTGTAGATATTTGTGTATTTTCTTTATTAACATATTCGAAGTTAGAGAAGTTTGACTCATTATGAAACTAAAAATAG GTTTACATACACGATTGGCTTGATGCCTTATCTCCAGTACATCTTATTATTGTCGCGTCCACTCGTTTATAATAATCATCATTTAATCAAGCATATTTCCACCCTGAATGCAGGAGACACTCATTGTTAAGAGTGCTTTCTTGGAACAATCCGTCTCCGCTTATATATGCTGCATAGTTAGGATGATTTTATTATGCACTTCCTCTTTTTTCTCTCTTCAAATTATAGTTCATTTTGGTTTTCTACTAAGTCAAAGTTCTTAAACTTTAAAGTTTATAGAAAAAATATAAACATATATAATACCAAATAAATGCACTATCAAAACATATTTGAAGTTGTAGATATTTGTGTATTTTCTTTATTAACATATTCGAAGTTAGAGAAGTTTGACTCATTATGAAACTAAAAATAGAGGCGAGGTAGTATTGTTTATGTACTCTACTAATATAGTCACATACCAGAATTTCAACCTGTTGGCCAACTGGGACATATCTGCCATTTGTTCTTTATTTCCTGTGAGATAACTAATGGCCACCATATTTGCAGTATATGCATATCAAAACGTTTCGTTTCACCTTTTGAATGACACTAATCCTTAGCCATGTTTATTGGGTAGCATGTGAATTCTGATACCTTTGGTATTTCAGATTTCGTAAATGGGTGGAACACAAGCATGGTCATATAGCGAAGCGGATATCGCGTTAGATTCCGAATCTAAAGGTCGTGGGTTCAAATCCCACTATGATCGAATATATTTGTTTAA 3 0 3' arm Sorghum_bicolor mirnest 100 sbi-MIR437f 0.00000000004 -39.4 .....((((((((((.((...(((((((.(((((.((((((.(((((...((((((.(((((((.((.((((((..((((((.................))))))..)))))).)).))))))).)))))).....)))...)).)))))).))))).)))))))...)).)))))))))).... (-39.4)