mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAAGTTTGACTTAGGACAAA TGTCCCAAGTCAAACCTCTCT CCAAGTTATAGTTTACTACTTCACTTTAGCTTTGTCCCAAGTCAAACCTCTCTAACTTTTATCAAGTTTATAGAAAAATGCACCAACATCTAGAATATCAAACTAGTTCCATTAAATTCTCCATGAAATATATTTTGATAATGCATTTATTGAACTTGTAGATGATAATATATTATTTTCTAAAAAATTGATCAAAGTTAGATAAGTTTGACTTAGGACAAAGCTAATGTGAACAATAGTTTGAAACGGCG GCACGAGGAGAAAGTGTATTGTATAACAAATGTCAATGCTGCTTTCTCCATCCCTGTTGATATTGAGGCAATCAAAGGTTTTTCCAGCAACTTTAAGAACACAACTACCTTTGTGCTATTGTGAAATGTTTGGGAGGGGATACTGAAAAATTAACTCTTTCCTTGATTTTTTTAAGCACACTGGGCAAAGTCAATCTGAACAATTTGCCCTTAAATGGTACCATAGACCATCAATTCAATGTTTCTTTTTTTTGAAGAAATTCAGATTCATACATTCTTAATTAACTAACTACTCTCTGTTCCAAGTTATAGTTTACTACTTCACTTTAGCTTTGTCCCAAGTCAAACCTCTCTAACTTTTATCAAGTTTATAGAAAAATGCACCAACATCTAGAATATCAAACTAGTTCCATTAAATTCTCCATGAAATATATTTTGATAATGCATTTATTGAACTTGTAGATGATAATATATTATTTTCTAAAAAATTGATCAAAGTTAGATAAGTTTGACTTAGGACAAAGCTAATGTGAACAATAGTTTGAAACGGCGGGAGTACCTTTTATCTTTCTGCAATTTATTTCCAATTA 4 0 3' arm Sorghum_bicolor mirnest 100 ssp-MIR437a 1e-82 -65.5 ..........((((((((.(((((.((((((((((((.(((((((((...(((((((((.(((((.(((.((((((((((......((((((.(((((((((.((.(((...............)))...)).)))))))...............)).))))))......)))..))))))).))).))))).)))))))))...))))))))).)))))))))))).)))))...))))...)))).... (-65.5)