mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTAGGCTTAAAAGATTCGTCT ACAAATTTATTAAGCATAATT AGCATGCTTGGCCTGTTTAGATTGGGGCTGAAAATTTTTTGGGTGTCACATCGAATGTGTGGGAAGGATGTCGGGAGGGATTTTTAGAAACTAATAAAAAAATAAATTACATAGCTCGTCAGGAAACTGCAAGACAAATTTATTAAGCATAATTAATCTGTCATTAGCATATGTGGGTTACTGTAGCACTTAAGGCTAATCATGGAGTAACTAGGCTTAAAAGATTCGTCTCGCGATTCTCAACTAAACTGTGTAATTAGTTTATTTTTTTATCTACATTTAATGTTCCATGCATGTGTCCAAAGATTCGATGGGATGGATGAAAAAATTTTTGGTGGGGAACTAAACAGGGCCTAAGAAT GCACGAGGAGGAAATCGATCAGGAAGAGATCGAGAAGATGGGGAGGCAGCAGCTTTGCATGGTGTTCCTGATGGCGTTCCTCGTCGTCTCTACCATGGACGTTGTCCACGTGGCCGCAGGGAGAGGGCTAGGGGAGGGGAGCTATGGAGCCTTGATCCCCGGCGGCACGCCTTCCGTGCCTCGTGGCCAGCCATACACTGGCCGAACATGCACAAAAATCTACGCGTGTAAACCGCCTGCTGCTGCTGACGCTGACGCCGCCGGCGGAGCGCCATGACGACGATCAGCATGCTTGGCCTGTTTAGATTGGGGCTGAAAATTTTTTGGGTGTCACATCGAATGTGTGGGAAGGATGTCGGGAGGGATTTTTAGAAACTAATAAAAAAATAAATTACATAGCTCGTCAGGAAACTGCAAGACAAATTTATTAAGCATAATTAATCTGTCATTAGCATATGTGGGTTACTGTAGCACTTAAGGCTAATCATGGAGTAACTAGGCTTAAAAGATTCGTCTCGCGATTCTCAACTAAACTGTGTAATTAGTTTATTTTTTTATCTACATTTAATGTTCCATGCATGTGTCCAAAGATTCGATGGGATGGATGAAAAAATTTTTGGTGGGGAACTAAACAGGGCCTAAGAATAATAATTTCCTTTGAACAACAAGGCGCCTCTAGTCTAGGCTCTACATAATCACTAGTAGTAATCAGGTTAGTATGAGTCTATATAATAATTTAATAAGATCCAAACTGTAATTGGGCGGAGGCGCTGTGTGTGCATGTACCCGTGATGGAGATGTAAGTGGGATGTTCGTAAGCCTGGAGTCTTGAGATGAAGGCAAATTATTGAACTATTCTGTGCC 4 0 3' arm Sorghum_bicolor mirnest 100 osa-MIR2124a 0.0000000000003 -91.3 ......((((((((((((((.((...((((((((((((((...((((.((((((((...((((....(((.((...(((((..(((((.....(((((((((((((((((((((...((..((((..(((.((((.(((((.((((((.((.(((.(((((.((((((.....(((((.........)))))..)))))).))))).))).)).)))))).))))).)))).))).))))..))....)))))))....)))))))))))))).....))))).))))).)))))...))))...)))))))).))))....))))))))))))))...)).))))))).)))).)))... (-91.3)